More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0476 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  5.57445e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.04404e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  3.71086e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.96943e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  2.87646e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.12038e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.11446e-06  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.6286e-06  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.01039e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3642  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000331692  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3535  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.99314e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3704  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00817033  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  259  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3607  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000867127  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3536  30S ribosomal protein S9  99.23 
 
 
130 aa  258  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  3.7617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0293  ribosomal protein S9  98.46 
 
 
130 aa  257  4e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  96.92 
 
 
130 aa  252  1e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  96.15 
 
 
130 aa  252  2e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  94.62 
 
 
130 aa  249  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  94.62 
 
 
130 aa  248  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.2665e-08  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.40237e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.13025e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  92.31 
 
 
130 aa  244  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.83336e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0104  30S ribosomal protein S9  90 
 
 
130 aa  236  6e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  5.69691e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  86.92 
 
 
130 aa  233  8e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  86.15 
 
 
130 aa  231  2e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.29051e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  83.08 
 
 
130 aa  225  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.16915e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2663  30S ribosomal protein S9  83.85 
 
 
130 aa  225  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00134428  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2399  ribosomal protein S9  81.54 
 
 
130 aa  222  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.696602  normal  0.066769 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0724  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00489418  hitchhiker  3.21207e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0703  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.75692e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3651  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.56747e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0745  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.1972e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3268  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.22713e-08  hitchhiker  9.0404e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3939  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0693  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.79549e-09  decreased coverage  1.93008e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0733  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.89004e-06  hitchhiker  0.00344758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0679  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  220  5e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  5.64509e-06  hitchhiker  0.00025421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3070  30S ribosomal protein S9  82.31 
 
 
130 aa  220  6e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  3.52838e-07  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3702  ribosomal protein S9  79.23 
 
 
130 aa  219  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.44977e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3293  30S ribosomal protein S9  80.77 
 
 
130 aa  219  1e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.48641e-06  hitchhiker  0.00108393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4442  ribosomal protein S9  80 
 
 
130 aa  216  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0032  ribosomal protein S9  79.39 
 
 
132 aa  213  6e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4221  30S ribosomal protein S9  79.23 
 
 
130 aa  213  6e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.35609e-07  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0748  30S ribosomal protein S9  79.23 
 
 
130 aa  213  6e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.72866e-08  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13050  30S ribosomal protein S9  76.92 
 
 
130 aa  213  1e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4425  ribosomal protein S9  76.15 
 
 
130 aa  210  4e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.146621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4119  30S ribosomal protein S9  76.15 
 
 
130 aa  210  4e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4408  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1316  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428523  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  209  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3594  30S ribosomal protein S9  77.69 
 
 
130 aa  209  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.65532e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4533  30S ribosomal protein S9  75.38 
 
 
130 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848049  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0923  30S ribosomal protein S9  73.85 
 
 
130 aa  206  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2876  ribosomal protein S9  77.17 
 
 
129 aa  204  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0513337  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  73.08 
 
 
130 aa  200  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2043  ribosomal protein S9  73.08 
 
 
130 aa  198  2e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.85971e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3163  30S ribosomal protein S9  71.54 
 
 
130 aa  197  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.247444  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2471  ribosomal protein S9  73.08 
 
 
130 aa  197  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0151898  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0797  30S ribosomal protein S9  73.39 
 
 
128 aa  193  8e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  4.94469e-12  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3359  30S ribosomal protein S9  77.69 
 
 
130 aa  192  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  3.01087e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57580  30S ribosomal protein S9  76.15 
 
 
130 aa  191  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0154586  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0507  30S ribosomal protein S9  77.69 
 
 
130 aa  192  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.32186e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5004  30S ribosomal protein S9  76.15 
 
 
130 aa  191  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00156716  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1748  30S ribosomal protein S9  74.19 
 
 
128 aa  190  6e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  9.73218e-06  normal  0.252579 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1566  30S ribosomal protein S9  72.58 
 
 
128 aa  186  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  9.68491e-11  normal  0.322438 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0905  ribosomal protein S9  68.46 
 
 
130 aa  183  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.122737  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0607  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.06629e-09  hitchhiker  0.00149279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3156  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  179  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0650  SSU ribosomal protein S9P  66.15 
 
 
130 aa  179  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.4124e-16  normal  0.0939463 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0469  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  177  6e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.93557e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2875  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  176  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0195834  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3190  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  174  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  4.52354e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0411  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  174  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.4619e-07  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0608  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  174  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  4.51686e-08  normal  0.262066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3353  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  174  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.07288e-08  hitchhiker  4.04008e-05 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3085  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  174  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.96861e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2678  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  173  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.25135e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2363  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  173  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  3.50135e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1050  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  173  6e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.26027e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0560  30S ribosomal protein S9  65.32 
 
 
130 aa  173  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000599765  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3451  30S ribosomal protein S9  65.32 
 
 
130 aa  173  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0078135 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0454  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  173  8e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0255963  normal  0.796217 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  66.94 
 
 
130 aa  173  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2076  ribosomal protein S9  68.46 
 
 
130 aa  173  9e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  173  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  1.47442e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0367  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  1e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000448381  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1940  30S ribosomal protein S9  65.93 
 
 
139 aa  172  1e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.32731e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1782  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  172  1e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.4243e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0382  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  1e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0184231  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0253  30S ribosomal protein S9  65.93 
 
 
139 aa  172  1e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000656502  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3377  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  2e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  3.25455e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3766  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  2e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.658387  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0254  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  2e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0197  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  2e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202545  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2342  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  2e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3413  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  172  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0107857  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2563  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  172  2e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  7.14908e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0647  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  171  2e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00285977  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>