More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0475 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03091  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  6.30317e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4548  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  3.2614e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3714  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  4.82392e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3420  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.00436e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3608  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000171486  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0475  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.36634e-07  normal  0.174588 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3527  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.95186e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3643  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000310969  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3705  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  7.56717e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3537  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  2.44686e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03042  hypothetical protein  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  3.11613e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3536  50S ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.42951e-10  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0475  ribosomal protein L13  100 
 
 
142 aa  292  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.8374e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3545  50S ribosomal protein L13  99.3 
 
 
142 aa  289  8e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.43146e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0299  50S ribosomal protein L13  97.89 
 
 
142 aa  287  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  1.51129e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3639  50S ribosomal protein L13  96.48 
 
 
142 aa  286  7e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0081105  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0292  50S ribosomal protein L13  97.18 
 
 
142 aa  286  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.15233e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3797  50S ribosomal protein L13  95.77 
 
 
142 aa  285  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000189229  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0524  50S ribosomal protein L13  95.07 
 
 
142 aa  282  1e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.6356e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0459  50S ribosomal protein L13  95.07 
 
 
142 aa  282  1e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.27467e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1134  50S ribosomal protein L13  95.07 
 
 
142 aa  282  1e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.6322e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3666  50S ribosomal protein L13  95.07 
 
 
142 aa  280  6e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.38225e-05  normal  0.0768978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4349  50S ribosomal protein L13  93.66 
 
 
142 aa  275  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.22799e-07  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0752  50S ribosomal protein L13  91.55 
 
 
142 aa  272  1e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.72076e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3360  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  239  8e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  8.92865e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2877  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  239  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114707  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3595  50S ribosomal protein L13  81.43 
 
 
143 aa  239  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.49881e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00881  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  238  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004511  LSU ribosomal protein L13p (L13Ae)  78.87 
 
 
142 aa  238  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.54571e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3071  50S ribosomal protein L13  79.58 
 
 
142 aa  237  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.52627e-09  normal  0.192156 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  236  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.58843e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  78.17 
 
 
142 aa  235  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.33795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0103  50S ribosomal protein L13  77.46 
 
 
142 aa  234  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.23224e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4222  50S ribosomal protein L13  80 
 
 
143 aa  234  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.36521e-09  hitchhiker  0.00032903 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0678  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  234  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.45483e-07  hitchhiker  0.000251831 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3269  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  234  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.28707e-09  hitchhiker  9.18521e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  234  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  234  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.56575e-09  decreased coverage  1.94665e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  78.87 
 
 
142 aa  234  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.18641e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  78.17 
 
 
142 aa  233  5e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.05135e-07  hitchhiker  3.559e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  78.17 
 
 
142 aa  233  5e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.5141e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  78.17 
 
 
142 aa  233  5e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  6.80495e-06  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0747  50S ribosomal protein L13  79.29 
 
 
143 aa  233  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.97035e-08  normal  0.0408198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  78.17 
 
 
142 aa  233  9e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.11952e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2664  50S ribosomal protein L13  76.76 
 
 
142 aa  232  1e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000266621  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2044  ribosomal protein L13  76.76 
 
 
142 aa  229  8e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  5.10712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2789  50S ribosomal protein L13  72.54 
 
 
142 aa  228  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.37696e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3294  50S ribosomal protein L13  77.14 
 
 
143 aa  227  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.82384e-07  hitchhiker  0.00115677 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3703  50S ribosomal protein L13  75.35 
 
 
142 aa  226  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.71958e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57590  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  224  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000544643  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2400  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  225  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767077  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  224  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5005  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  224  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00170298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  224  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2472  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  223  5e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00672084  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3164  50S ribosomal protein L13  72.54 
 
 
142 aa  223  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0732563  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0922  50S ribosomal protein L13  73.24 
 
 
142 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  73.94 
 
 
142 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  73.94 
 
 
142 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04010  50S ribosomal protein L13  73.24 
 
 
142 aa  223  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  73.94 
 
 
142 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4120  50S ribosomal protein L13  75 
 
 
142 aa  222  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.954115  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  73.24 
 
 
142 aa  221  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  74.65 
 
 
142 aa  221  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0904  50S ribosomal protein L13  73.24 
 
 
142 aa  221  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.222508  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3075  50S ribosomal protein L13  69.72 
 
 
142 aa  221  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2681  50S ribosomal protein L13  69.72 
 
 
142 aa  221  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  73.94 
 
 
142 aa  220  5e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4426  ribosomal protein L13  74.29 
 
 
142 aa  219  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3711  50S ribosomal protein L13  72.54 
 
 
142 aa  218  2e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.145139  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0461  50S ribosomal protein L13  69.01 
 
 
142 aa  218  2e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  7.97457e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0541  ribosomal protein L13  69.72 
 
 
142 aa  218  3e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0111293  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4443  50S ribosomal protein L13  70.42 
 
 
142 aa  217  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2762  50S ribosomal protein L13  71.13 
 
 
144 aa  214  4e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2635  50S ribosomal protein L13  71.13 
 
 
144 aa  213  6e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0789  50S ribosomal protein L13  71.13 
 
 
142 aa  212  1e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0876  50S ribosomal protein L13  71.13 
 
 
142 aa  212  1e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00520364  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0031  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  212  2e-54  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  68.31 
 
 
142 aa  209  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1232  50S ribosomal protein L13  68.31 
 
 
142 aa  204  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  2.29053e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  66.2 
 
 
142 aa  203  8e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  6.79553e-07  normal  0.257999 
 
 
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  202  9e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.05698e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0453  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
148 aa  202  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0286772  normal  0.569665 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3628  50S ribosomal protein L13  63.38 
 
 
144 aa  202  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.32589e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  201  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  2.67326e-11  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0649  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  201  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.71181e-17  normal  0.0947726 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  67.61 
 
 
142 aa  201  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  5.75017e-09  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  68.31 
 
 
142 aa  202  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.30449e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0055  50S ribosomal protein L13  69.01 
 
 
146 aa  201  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00159664  normal  0.826314 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  197  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0490  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  196  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000324279  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0381  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  196  8e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00368247  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0366  50S ribosomal protein L13  66.9 
 
 
142 aa  196  8e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  1.57584e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0561  50S ribosomal protein L13  64.08 
 
 
144 aa  195  2e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000199102  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3378  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  194  4e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  3.57129e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2704  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
176 aa  194  4e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.191056  normal  0.974545 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1233  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  194  4e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  1.8745e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3414  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  194  4e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000814026  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  65.49 
 
 
142 aa  194  4e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  3.78048e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  64.79 
 
 
176 aa  194  5e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  5.10805e-07  normal  0.599528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>