More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0446 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  96.26 
 
 
321 aa  644  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  9.97743e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  96.26 
 
 
321 aa  644  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.9753e-07  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  95.64 
 
 
321 aa  638  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  96.26 
 
 
321 aa  644  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  96.26 
 
 
321 aa  644  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.24193e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.91919e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.59244e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
321 aa  668  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  4.46962e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  96.26 
 
 
321 aa  644  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  5.20187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  88.47 
 
 
321 aa  604  1e-172  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 
321 aa  596  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 
355 aa  594  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  5.4155e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 
321 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  8.79086e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 
321 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.54 
 
 
321 aa  593  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.85 
 
 
321 aa  593  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  87.23 
 
 
321 aa  583  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  6.18743e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  69.16 
 
 
322 aa  477  1e-134  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  67.92 
 
 
332 aa  461  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  69.47 
 
 
331 aa  458  1e-128  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  69.78 
 
 
331 aa  457  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.4991e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  65.62 
 
 
323 aa  448  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.51136e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  65.73 
 
 
333 aa  443  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  66.25 
 
 
327 aa  444  1e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  4.09979e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  65 
 
 
322 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.78028e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  65 
 
 
322 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.47464e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  65.42 
 
 
322 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  3.54075e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  65 
 
 
322 aa  428  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.08898e-05  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  65.62 
 
 
322 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  5.90766e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  65 
 
 
322 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  64.98 
 
 
319 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  64.69 
 
 
322 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.41249e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  64.38 
 
 
322 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.39113e-06  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  64.69 
 
 
320 aa  421  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  2.30608e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  64.38 
 
 
322 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.68701e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  64.38 
 
 
322 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  4.94088e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.38 
 
 
322 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.16775e-07  hitchhiker  1.34738e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  64.4 
 
 
322 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.01066e-05  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  65.33 
 
 
322 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002194  tRNA dihydrouridine synthase B  67.48 
 
 
287 aa  416  1e-115  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000238553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  62.19 
 
 
322 aa  411  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.52787e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  58.86 
 
 
338 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  63.29 
 
 
332 aa  406  1e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.12 
 
 
337 aa  397  1e-110  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  62.78 
 
 
337 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  62.78 
 
 
337 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  62.78 
 
 
337 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  63.09 
 
 
337 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.73 
 
 
343 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  59.01 
 
 
350 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  61.51 
 
 
332 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  62.34 
 
 
332 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  61.51 
 
 
332 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.13 
 
 
355 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  61.04 
 
 
322 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  61.51 
 
 
337 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.13 
 
 
355 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  57.94 
 
 
355 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.94 
 
 
355 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.94 
 
 
355 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  57.94 
 
 
355 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  57.94 
 
 
355 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  60.32 
 
 
322 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  61.2 
 
 
337 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.97 
 
 
356 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  57.94 
 
 
355 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  57.32 
 
 
355 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  60.25 
 
 
336 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  57.63 
 
 
354 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  56.97 
 
 
381 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  57.19 
 
 
356 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.94 
 
 
331 aa  362  6e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  55.94 
 
 
332 aa  361  8e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.52 
 
 
337 aa  360  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  56.7 
 
 
354 aa  360  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.9 
 
 
346 aa  360  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  55.76 
 
 
357 aa  359  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.01 
 
 
352 aa  354  9e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.94 
 
 
352 aa  352  6e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  56.17 
 
 
336 aa  352  7e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  55.76 
 
 
327 aa  351  8e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.39 
 
 
354 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.45 
 
 
354 aa  348  7e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.94 
 
 
353 aa  347  1e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  54.49 
 
 
353 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  55.94 
 
 
353 aa  346  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.6 
 
 
343 aa  346  3e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  54.83 
 
 
356 aa  346  4e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  57.14 
 
 
338 aa  344  1e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>