More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0428 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  100 
 
 
374 aa  757    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
374 aa  757    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  98.4 
 
 
374 aa  747    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  98.4 
 
 
374 aa  746    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
374 aa  757    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  98.66 
 
 
374 aa  747    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
374 aa  757    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  100 
 
 
374 aa  757    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  98.93 
 
 
374 aa  751    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  72.99 
 
 
374 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  72.73 
 
 
374 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  72.73 
 
 
374 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 
374 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  72.73 
 
 
374 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  70.05 
 
 
374 aa  532  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  58.2 
 
 
377 aa  428  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  57.82 
 
 
377 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  57.75 
 
 
373 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  58.82 
 
 
373 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  53.74 
 
 
373 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  54.01 
 
 
373 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  54.28 
 
 
373 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  47.96 
 
 
369 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  48.51 
 
 
369 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  45.56 
 
 
369 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  48.12 
 
 
379 aa  275  8e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  46.1 
 
 
338 aa  260  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  46.93 
 
 
338 aa  259  6e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  45.91 
 
 
362 aa  256  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  49.35 
 
 
371 aa  255  7e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  46.41 
 
 
368 aa  255  8e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  44.24 
 
 
361 aa  253  5.000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  44.24 
 
 
361 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 
331 aa  250  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  45.05 
 
 
338 aa  249  7e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  44.73 
 
 
338 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  44.73 
 
 
338 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  44.73 
 
 
338 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  45.86 
 
 
338 aa  246  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  45.22 
 
 
338 aa  246  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  51.31 
 
 
362 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 
338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 
365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  44.09 
 
 
338 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.33 
 
 
399 aa  243  5e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  45.28 
 
 
340 aa  243  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 
365 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  46.52 
 
 
339 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  49.32 
 
 
365 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  45.34 
 
 
308 aa  239  6.999999999999999e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  41.74 
 
 
352 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  45.72 
 
 
336 aa  237  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  42.01 
 
 
368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  45.21 
 
 
383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  50.52 
 
 
366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  46.33 
 
 
394 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  43.32 
 
 
372 aa  233  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  46.95 
 
 
368 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 
296 aa  231  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  47.8 
 
 
365 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  43.5 
 
 
339 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  47.08 
 
 
362 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  45.89 
 
 
384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  41.33 
 
 
374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  41.6 
 
 
365 aa  222  9e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  42.63 
 
 
364 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  47.1 
 
 
366 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  41.99 
 
 
369 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  39.73 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.17 
 
 
368 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  43.73 
 
 
358 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  38.03 
 
 
374 aa  219  7e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.13 
 
 
377 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  46.86 
 
 
372 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  41.8 
 
 
389 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 
422 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  42.51 
 
 
368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  38.46 
 
 
421 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0616  DNA protecting protein DprA  48.32 
 
 
247 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00609324  normal  0.0384854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.35 
 
 
320 aa  209  5e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  42.96 
 
 
362 aa  209  8e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  45.98 
 
 
371 aa  208  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.12 
 
 
401 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  45.71 
 
 
362 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  45.88 
 
 
359 aa  205  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  40.98 
 
 
385 aa  203  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  39.63 
 
 
399 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  40.84 
 
 
311 aa  203  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  42.51 
 
 
379 aa  204  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  44.01 
 
 
375 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  45.13 
 
 
358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  42.91 
 
 
377 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  44.4 
 
 
366 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  40.14 
 
 
349 aa  200  3.9999999999999996e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  41.91 
 
 
356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  38.55 
 
 
385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  40.61 
 
 
402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  42.32 
 
 
408 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  40 
 
 
406 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  43.78 
 
 
401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>