More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0426 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  641    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  641    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  100 
 
 		 315 aa  641    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  641    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  99.37 
 
 		 315 aa  639    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  641    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  99.37 
 
 		 315 aa  639    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  99.04 
 
 		 315 aa  633  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  98.09 
 
 		 315 aa  628  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  92.04 
 
 		 315 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  92.04 
 
 		 315 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  92.04 
 
 		 315 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  92.36 
 
 		 315 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  92.04 
 
 		 315 aa  597  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  85.99 
 
 		 315 aa  565  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  80.57 
 
 		 314 aa  536  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  77.81 
 
 		 313 aa  511  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 		 315 aa  511  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  75.87 
 
 		 315 aa  508  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  77.39 
 
 		 315 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  75.56 
 
 		 313 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  66.77 
 
 		 318 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  66.45 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  66.45 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  66.13 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  66.67 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  66.77 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  66.13 
 
 		 318 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  64.13 
 
 		 315 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  64.33 
 
 		 315 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  63.81 
 
 		 315 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  65.16 
 
 		 321 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  65.16 
 
 		 324 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  60.83 
 
 		 321 aa  408  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  64.52 
 
 		 329 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  62.21 
 
 		 312 aa  402  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  62.58 
 
 		 320 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  63.19 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  63.81 
 
 		 317 aa  399  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  60.58 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  60.13 
 
 		 315 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  62.38 
 
 		 319 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  56.77 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 314 aa  375  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  59.68 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  59.03 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  58.84 
 
 		 319 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  60.19 
 
 		 314 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  57.38 
 
 		 312 aa  363  2e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  58.06 
 
 		 310 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  57.64 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  56.15 
 
 		 322 aa  360  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  54.84 
 
 		 311 aa  358  5e-98  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  58.6 
 
 		 314 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  52.75 
 
 		 314 aa  348  9e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  52.75 
 
 		 314 aa  348  9e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  53.56 
 
 		 327 aa  347  1e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  55.78 
 
 		 318 aa  346  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  56.33 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  55.41 
 
 		 325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  51.79 
 
 		 314 aa  325  4.0000000000000003e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  53.05 
 
 		 332 aa  323  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  55.45 
 
 		 325 aa  322  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  51.47 
 
 		 314 aa  322  8e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  54.87 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  51.27 
 
 		 323 aa  307  1.0000000000000001e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  53.87 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  51.47 
 
 		 310 aa  296  3e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  51.96 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  48.88 
 
 		 320 aa  296  3e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 		 311 aa  296  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  51.63 
 
 		 307 aa  296  4e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  54.49 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  51.63 
 
 		 307 aa  293  3e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  51.12 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  49.52 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  48.62 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  48.62 
 
 		 327 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  52.41 
 
 		 328 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  49.5 
 
 		 312 aa  286  4e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  48.39 
 
 		 311 aa  285  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 308 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  49.85 
 
 		 344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  49.2 
 
 		 301 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  51.13 
 
 		 328 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  51.68 
 
 		 320 aa  281  8.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  48.16 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  48.16 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  49.03 
 
 		 327 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  47.09 
 
 		 331 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  48.67 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>