More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0393 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.14725e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.09233e-06  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.0519e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.38592e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.24545e-06  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.66979e-07  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.56822e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  100 
 
 
209 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  98.09 
 
 
209 aa  413  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.45749e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  98.09 
 
 
209 aa  413  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.30914e-05  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  98.09 
 
 
209 aa  413  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  98.09 
 
 
209 aa  413  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  98.09 
 
 
209 aa  413  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  1.42393e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  97.13 
 
 
209 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.63503e-07  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  96.65 
 
 
209 aa  406  1e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.94751e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  96.17 
 
 
209 aa  406  1e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.33554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  93.78 
 
 
209 aa  397  1e-110  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.83333e-10  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  93.78 
 
 
209 aa  397  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.56273e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  93.3 
 
 
209 aa  397  1e-110  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  3.54089e-10  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  93.78 
 
 
209 aa  397  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  94.26 
 
 
209 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  93.3 
 
 
209 aa  391  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.22247e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  83.25 
 
 
209 aa  360  9e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.9924e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  84.69 
 
 
208 aa  356  1e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.58228e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  80.86 
 
 
209 aa  350  8e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  79.9 
 
 
209 aa  350  9e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  80.86 
 
 
209 aa  350  1e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.45621e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  80 
 
 
212 aa  343  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.06645e-07  decreased coverage  4.70561e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  80.95 
 
 
212 aa  339  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  80.95 
 
 
212 aa  339  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.0724e-08  hitchhiker  1.9855e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  80.95 
 
 
212 aa  339  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.36858e-07  unclonable  1.96513e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  80.95 
 
 
212 aa  339  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0213  50S ribosomal protein L3  82.38 
 
 
212 aa  338  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.6877e-07  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  77.62 
 
 
212 aa  336  1e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.26152e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  78.57 
 
 
212 aa  336  2e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.15109e-07  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  78.57 
 
 
212 aa  335  3e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.66431e-08  unclonable  2.47869e-08 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  79.52 
 
 
212 aa  335  4e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.33275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  79.52 
 
 
212 aa  335  4e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46138e-08  unclonable  9.36811e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  79.52 
 
 
212 aa  335  4e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.00962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  79.52 
 
 
212 aa  335  4e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.39517e-08  hitchhiker  1.8898e-10 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  79.52 
 
 
212 aa  334  7e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.58076e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  78.1 
 
 
212 aa  329  1e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.84118e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  77.14 
 
 
212 aa  326  1e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.9478e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  75.24 
 
 
212 aa  322  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  1.5584e-06  hitchhiker  7.58128e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  75.96 
 
 
211 aa  319  2e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0328  ribosomal protein L3  68.9 
 
 
212 aa  318  5e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  74.76 
 
 
212 aa  317  6e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  74.52 
 
 
211 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  74.52 
 
 
211 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.30335e-05  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  75.71 
 
 
212 aa  316  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.09154e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  73.33 
 
 
214 aa  315  5e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  74.04 
 
 
211 aa  313  9e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  74.04 
 
 
211 aa  313  9e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  8.38631e-08  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  74.04 
 
 
211 aa  313  9e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  71.9 
 
 
212 aa  312  2e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  5.25785e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  74.64 
 
 
212 aa  311  4e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  73.56 
 
 
209 aa  310  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  72.86 
 
 
212 aa  310  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  73.08 
 
 
211 aa  306  1e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  1.65351e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  73.08 
 
 
211 aa  305  2e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.74535e-10  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  72.6 
 
 
211 aa  305  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  70.05 
 
 
218 aa  305  3e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
214 aa  304  7e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.7151e-11  hitchhiker  1.66028e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  72.86 
 
 
200 aa  300  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  69.16 
 
 
216 aa  298  4e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  69.38 
 
 
212 aa  291  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.8687e-07  unclonable  4.91767e-12 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2372  ribosomal protein L3  67.79 
 
 
211 aa  289  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  65.24 
 
 
214 aa  288  5e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  67.45 
 
 
212 aa  285  4e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  1.09318e-13  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  66.82 
 
 
212 aa  283  1e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  8.08775e-12  hitchhiker  3.19768e-05 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  66.67 
 
 
212 aa  283  2e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.79422e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  66.51 
 
 
212 aa  278  4e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.99127e-06  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 
214 aa  277  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  3.34047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0394  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 
216 aa  271  5e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0369  50S ribosomal protein L3  66.99 
 
 
216 aa  270  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  63.16 
 
 
217 aa  266  1e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.73756e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  62.68 
 
 
215 aa  266  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  60.95 
 
 
216 aa  265  3e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  3.85888e-10  normal  0.0180173 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  62.68 
 
 
217 aa  264  7e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04521  50S ribosomal protein L3  60.39 
 
 
207 aa  261  7e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  5.54969e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  62.38 
 
 
212 aa  259  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.14788e-24  hitchhiker  3.84813e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  60.77 
 
 
214 aa  259  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  61.61 
 
 
224 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  6.98132e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0494  50S ribosomal protein L3  58.37 
 
 
215 aa  258  3e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  3.68377e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0433  50S ribosomal protein L3  57.42 
 
 
210 aa  258  4e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  2.41052e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  61.72 
 
 
217 aa  256  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  1.08395e-11  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  61.9 
 
 
217 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  5.38385e-07  hitchhiker  8.07722e-05 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  61.9 
 
 
217 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  2.76942e-07  decreased coverage  1.34206e-07 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  57.69 
 
 
210 aa  255  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  4.71094e-09 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  57.69 
 
 
210 aa  255  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  61.24 
 
 
219 aa  254  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.11519e-07  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  60.95 
 
 
214 aa  253  1e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.49005e-07  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3019  50S ribosomal protein L3  60.48 
 
 
220 aa  252  2e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  2.16849e-05  hitchhiker  0.0059333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  60.77 
 
 
217 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  3.32087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  58.37 
 
 
214 aa  252  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.338e-09  unclonable  1.02958e-07 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  60.77 
 
 
217 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  60.77 
 
 
216 aa  251  4e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  9.00525e-05  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  60.48 
 
 
216 aa  251  4e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.28128e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 
212 aa  251  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  2.54045e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>