More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0392 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03172  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00056658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3804  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.11294e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3515  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  4.92299e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3616  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.87491e-08  hitchhiker  0.00493043 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3706  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.00932e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0392  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.44875e-06  hitchhiker  0.00689004 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03123  hypothetical protein  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000601511  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0392  ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.18105e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4644  30S ribosomal protein S10  100 
 
 
103 aa  207  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  5.2499e-07  normal  0.0424233 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3916  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.06232e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0282  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.46506e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3808  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  6.4612e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3710  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000120586  normal  0.692874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3745  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00135486  normal  0.0277892 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0404  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0007092  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4545  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.55488e-10  hitchhiker  0.00172679 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0058  SSU ribosomal protein S10P  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  4.15336e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4002  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  6.61379e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3637  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  5.84006e-08  normal  0.459498 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3823  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.46327e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3637  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.69105e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0322  30S ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.2719e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0583  ribosomal protein S10  98.06 
 
 
103 aa  203  5e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.72032e-08  normal  0.180599 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3752  SSU ribosomal protein S10P  97.09 
 
 
103 aa  203  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  6.21266e-07  hitchhiker  0.0036093 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0169  30S ribosomal protein S10  97.09 
 
 
103 aa  202  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.85443e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0212  30S ribosomal protein S10  96.12 
 
 
103 aa  201  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.77123e-10  unclonable  6.93674e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0147  ribosomal protein S10  96.12 
 
 
103 aa  201  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  4.95355e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0157  30S ribosomal protein S10  95.15 
 
 
103 aa  200  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.55753e-09  decreased coverage  4.48668e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0198  30S ribosomal protein S10  95.15 
 
 
103 aa  200  6e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.67319e-09  hitchhiker  1.3297e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0230  30S ribosomal protein S10  95.15 
 
 
103 aa  200  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0193  30S ribosomal protein S10  95.15 
 
 
103 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.24599e-06  decreased coverage  0.00027939 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0198  30S ribosomal protein S10  95.15 
 
 
103 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.00655e-07  unclonable  1.57318e-11 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3525  ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  200  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  4.57129e-06  hitchhiker  3.21241e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3760  30S ribosomal protein S10  94.17 
 
 
103 aa  199  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0199  30S ribosomal protein S10  94.17 
 
 
103 aa  199  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.81945e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4057  30S ribosomal protein S10  94.17 
 
 
103 aa  199  9e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.79961e-09  hitchhiker  1.38432e-10 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4171  30S ribosomal protein S10  94.17 
 
 
103 aa  199  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.85608e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0195  30S ribosomal protein S10  94.17 
 
 
103 aa  199  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  6.45818e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4318  30S ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  197  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.42072e-07  unclonable  4.77389e-11 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0183  30S ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  197  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.40291e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4691  30S ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  197  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  8.38307e-09  unclonable  2.16996e-08 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0319  30S ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  197  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0188597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2175  30S ribosomal protein S10  93.2 
 
 
103 aa  196  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.2436e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0874  ribosomal protein S10  91.26 
 
 
103 aa  196  1e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522199  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00444  30S ribosomal protein S10  92.23 
 
 
103 aa  194  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0405184  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001743  SSU ribosomal protein S10p (S20e)  92.23 
 
 
103 aa  194  4e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000127695  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00729  30S ribosomal protein S10  92.23 
 
 
103 aa  194  4e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0625  ribosomal protein S10  90.29 
 
 
103 aa  193  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  4.66292e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4549  30S ribosomal protein S10  90.29 
 
 
103 aa  193  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000213954  normal  0.0597614 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0836  30S ribosomal protein S10  90.29 
 
 
103 aa  192  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0236552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08840  30S ribosomal protein S10  90.29 
 
 
103 aa  192  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.52676e-05  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0468  30S ribosomal protein S10  90.29 
 
 
103 aa  192  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.73961e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0959  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.33604e-13  unclonable  5.72443e-09 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4750  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  6.71466e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0483  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000151275  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0453  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0704355  unclonable  1.89493e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0486  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.31122e-07  normal  0.0380301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5080  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  7.93453e-11  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06240  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00394017  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0718  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  1.41431e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3910  30S ribosomal protein S10  89.32 
 
 
103 aa  191  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00375138  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0327  ribosomal protein S10  91.26 
 
 
103 aa  191  4e-48  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4277  ribosomal protein S10  88.35 
 
 
103 aa  189  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  3.46918e-09  unclonable  3.59419e-12 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0420  SSU ribosomal protein S10P  87.25 
 
 
103 aa  185  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00124832  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2373  30S ribosomal protein S10  85.44 
 
 
103 aa  183  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.837203  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0483  30S ribosomal protein S10  83.5 
 
 
103 aa  179  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  1.05944e-05  normal  0.026966 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0488  30S ribosomal protein S10  83.5 
 
 
103 aa  179  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  3.50893e-09  hitchhiker  0.00967015 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0457  30S ribosomal protein S10  83.33 
 
 
103 aa  179  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2325  30S ribosomal protein S10  82.52 
 
 
103 aa  178  3e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  2.3421e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0425  30S ribosomal protein S10  82.52 
 
 
103 aa  177  3e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.01436e-12  hitchhiker  2.76478e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2325  30S ribosomal protein S10  86.14 
 
 
104 aa  177  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00118497  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0294  ribosomal protein S10  83.33 
 
 
103 aa  177  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.5146e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0859  30S ribosomal protein S10  84.16 
 
 
109 aa  176  8e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.591238  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2170  ribosomal protein S10  80.58 
 
 
103 aa  175  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00128539  normal  0.372781 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0393  30S ribosomal protein S10  83.17 
 
 
105 aa  172  1e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0368  30S ribosomal protein S10  83.17 
 
 
105 aa  172  1e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0755  30S ribosomal protein S10  78.43 
 
 
103 aa  169  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  5.08535e-12  normal  0.0162488 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0322  ribosomal protein S10  75.73 
 
 
103 aa  168  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  1.45691e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0052  30S ribosomal protein S10  79.41 
 
 
103 aa  167  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  1.49229e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1855  30S ribosomal protein S10  82 
 
 
115 aa  167  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000106721  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0336  30S ribosomal protein S10  82 
 
 
110 aa  167  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.89298e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0318  30S ribosomal protein S10  78.43 
 
 
103 aa  165  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.1859e-21  hitchhiker  3.42143e-05 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2951  30S ribosomal protein S10  78.43 
 
 
103 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  1.33875e-06  hitchhiker  7.22255e-07 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3298  30S ribosomal protein S10  78.43 
 
 
103 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  2.31204e-05  hitchhiker  0.000170279 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04522  30S ribosomal protein S10  76.24 
 
 
104 aa  165  3e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  3.4971e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0049  30S ribosomal protein S10  78.43 
 
 
103 aa  164  3e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  2.91739e-14  decreased coverage  2.20907e-25 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3020  30S ribosomal protein S10  78.22 
 
 
104 aa  163  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  4.4729e-05  hitchhiker  0.00550197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3645  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 
103 aa  162  1e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  4.75308e-10  hitchhiker  1.62231e-11 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2841  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 
103 aa  162  1e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  5.13436e-06  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0766  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
102 aa  162  1e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.300244  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0313  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 
103 aa  162  1e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  2.33009e-11  normal  0.0207604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3323  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 
102 aa  162  2e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434875  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3181  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 
102 aa  162  2e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  4.86821e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0404  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 
102 aa  161  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.6581e-10  normal  0.139805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3339  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  160  5e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  1.04246e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3477  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  4.83294e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1923  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  1.3045e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3805  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00677019  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3069  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  159  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  9.98747e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0326  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 
103 aa  159  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00113902  normal  0.0302801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>