218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0313 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  100 
 
 
133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  100 
 
 
133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  100 
 
 
133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  100 
 
 
133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  99.25 
 
 
133 aa  269  7e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  99.25 
 
 
133 aa  269  7e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  99.25 
 
 
133 aa  268  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  99.25 
 
 
133 aa  268  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  96.99 
 
 
133 aa  263  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  96.24 
 
 
133 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  96.24 
 
 
133 aa  261  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  95.49 
 
 
133 aa  260  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  95.49 
 
 
133 aa  260  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  84.21 
 
 
133 aa  241  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  74.45 
 
 
137 aa  215  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  78.4 
 
 
137 aa  215  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  78.4 
 
 
136 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  77.6 
 
 
136 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  77.6 
 
 
135 aa  205  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.33 
 
 
135 aa  201  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  73.33 
 
 
135 aa  201  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  72.59 
 
 
135 aa  199  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  71.9 
 
 
136 aa  184  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  68.55 
 
 
127 aa  179  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  65.57 
 
 
133 aa  173  9e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  66.94 
 
 
128 aa  169  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  64.23 
 
 
134 aa  166  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4736  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.33 
 
 
132 aa  166  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00728557  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3621  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.11 
 
 
130 aa  166  9e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0308418  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.33 
 
 
132 aa  165  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.32 
 
 
132 aa  165  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  61.67 
 
 
132 aa  156  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.67 
 
 
132 aa  156  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.67 
 
 
132 aa  155  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.83 
 
 
132 aa  154  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.83 
 
 
132 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  60 
 
 
132 aa  153  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0147  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.56 
 
 
132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0150  RNA-binding S4 domain protein  56.56 
 
 
132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0151  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.56 
 
 
132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.245693 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.85 
 
 
134 aa  148  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4208  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.74 
 
 
132 aa  148  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.513978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  58.68 
 
 
138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  57.02 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.48 
 
 
135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  57.02 
 
 
134 aa  143  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  56.59 
 
 
130 aa  137  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.59 
 
 
142 aa  136  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  55.38 
 
 
131 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  52.07 
 
 
134 aa  133  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.69 
 
 
170 aa  133  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  54.62 
 
 
131 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001894  ribosome-associated heat shock protein  64 
 
 
100 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.2 
 
 
138 aa  131  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  53.54 
 
 
146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  53.08 
 
 
146 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  55.28 
 
 
130 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  56.56 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  56 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.56 
 
 
133 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  51.59 
 
 
128 aa  124  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.28 
 
 
133 aa  124  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.09 
 
 
136 aa  124  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  53.97 
 
 
135 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  49.59 
 
 
132 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  51.67 
 
 
135 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  52.42 
 
 
135 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  51.3 
 
 
125 aa  113  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  47.9 
 
 
131 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  48.44 
 
 
142 aa  110  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  47.9 
 
 
133 aa  106  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1817  heat shock protein 15  50.79 
 
 
141 aa  105  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  44 
 
 
141 aa  103  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.2 
 
 
139 aa  102  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 
135 aa  101  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 
149 aa  101  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  42.86 
 
 
122 aa  95.9  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.67 
 
 
138 aa  95.5  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 
167 aa  95.5  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  46.85 
 
 
141 aa  94.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  48.36 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.65 
 
 
130 aa  90.5  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  42.06 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  40.77 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  40 
 
 
131 aa  88.2  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  41.8 
 
 
123 aa  87.8  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  41.23 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  41.03 
 
 
176 aa  84  7e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  41.67 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  41.94 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  42.11 
 
 
132 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.59 
 
 
153 aa  78.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  41.23 
 
 
132 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  41.23 
 
 
131 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  42.53 
 
 
125 aa  74.3  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.09 
 
 
149 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  48.81 
 
 
93 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.75 
 
 
100 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>