More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_5233 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.06074e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.28942e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  7.25201e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  8.99305e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.12218e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.37222e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.47539e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.1069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.74213e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.14401e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.01126e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.59411e-05  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  7.89982e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  100 
 
 
79 bp  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.31631e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  96.83 
 
 
80 bp  109  9e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  4.13507e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  96.83 
 
 
80 bp  109  9e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  93.22 
 
 
77 bp  85.7  1e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.99453e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.90074e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.22193e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.30917e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.19113e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  8e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  91.53 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0184  tRNA-Pro  90.48 
 
 
77 bp  77.8  3e-13  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.42161e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  92.59 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  91.23 
 
 
79 bp  73.8  5e-12  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  91.23 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  9.60142e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  7.27228e-08  decreased coverage  2.14334e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.00606e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  5.68305e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.99293e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  91.07 
 
 
74 bp  71.9  2e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  4.53767e-05  hitchhiker  8.28502e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.13621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  6.63033e-11  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  6.28165e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  89.83 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  93.48 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.74 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  89.47 
 
 
74 bp  65.9  1e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>