194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_5231 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.21516e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.1707e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  6.28475e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  8.54975e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4162  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.63732e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.44422e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.73931e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.59439e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  6.4572e-06  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  3.77895e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  98.7 
 
 
78 bp  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  6.39476e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  98.7 
 
 
78 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.44826e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.70279e-05  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  94.74 
 
 
79 bp  119  1e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  3.97081e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.05992e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  94.74 
 
 
76 bp  119  1e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.15036e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  4.65225e-08  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0009  tRNA-His  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000404994  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0058  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606593  hitchhiker  0.000424792 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t53  tRNA-His  96.55 
 
 
73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266756  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t51  tRNA-His  96.55 
 
 
73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.297022  normal  0.0342999 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0056  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441531  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3100t  tRNA-His  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000111916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3098t  tRNA-His  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00486  tRNA-His  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00488  tRNA-His  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0018  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.901161  normal  0.123364 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0047  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  2.86041e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0036  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420238  normal  0.0855626 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0047  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0031  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0045  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0055  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.337308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0023  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0020  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303055  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0045  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0639484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0047  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0247506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0032  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00257148  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0022  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.182348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0023  tRNA-His  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0035  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.05809e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.88034e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  5.58308e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.83468e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.60154e-05  hitchhiker  7.86314e-05 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1180  tRNA-His  89.61 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0486597  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.39897e-08  decreased coverage  2.20654e-07 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0055  tRNA-His  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302416  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.13486e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.72511e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  96.08 
 
 
76 bp  85.7  1e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.56793e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  93.1 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  93.1 
 
 
78 bp  83.8  5e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  93.1 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  93.1 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  93.1 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0059  tRNA-His  89.61 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.63654e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.40103e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.22334e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  89.86 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.38141e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>