More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_4651 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03193  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.63524e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3538  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.34164e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3816  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  9.29578e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3645  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.85964e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3644  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  9.93601e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4651  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.89179e-09  normal  0.0331168 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3759  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.74528e-09  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3753  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00207543  normal  0.0353577 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03144  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.64791e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  7.40519e-06  normal  0.0746879 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3716  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  5.01374e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3811  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.07874e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3623  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  4.37781e-09  hitchhiker  0.00102152 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0371  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
124 aa  251  2e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  8.5622e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0398  ribosomal protein S12  97.58 
 
 
124 aa  249  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  2.13628e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  95.97 
 
 
124 aa  246  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  5.16158e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  95.97 
 
 
124 aa  246  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.2429e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  95.97 
 
 
124 aa  245  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.03775e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  95.97 
 
 
124 aa  246  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  8.80258e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4551  30S ribosomal protein S12  95.97 
 
 
124 aa  244  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.87962e-09  normal  0.158783 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3830  30S ribosomal protein S12  95.16 
 
 
124 aa  244  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4010  30S ribosomal protein S12  95.16 
 
 
124 aa  244  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.75361e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1647  30S ribosomal protein S12  92.74 
 
 
124 aa  242  1e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  3.49263e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002297  SSU ribosomal protein S12p (S23e)  92.74 
 
 
124 aa  240  4e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.70736e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00057  30S ribosomal protein S12  92.74 
 
 
124 aa  240  4e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2771  30S ribosomal protein S12  91.94 
 
 
124 aa  239  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.85263e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0310  30S ribosomal protein S12  91.13 
 
 
124 aa  237  3e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00417807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  234  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4281  30S ribosomal protein S12  91.06 
 
 
124 aa  232  1e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  4.73434e-05  unclonable  2.78938e-12 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  90.24 
 
 
123 aa  231  2e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4322  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  231  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00668981  unclonable  9.3676e-11 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0492  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  230  5e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0208  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  230  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.37299e-07  unclonable  7.63444e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4695  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  230  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00310742  unclonable  3.29491e-08 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0226  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  230  6e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0189  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  230  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.019095  decreased coverage  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0194  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  230  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0259871  hitchhiker  4.80785e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0179  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  229  7e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00020988  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4465  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  229  8e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4061  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  229  8e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000816625  hitchhiker  1.01857e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0195  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  229  8e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00503179  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0191  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  229  8e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00539976  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3764  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  229  9e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.16882e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0153  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  229  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144977  decreased coverage  3.85897e-05 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0165  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  229  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.89821e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0194  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 
124 aa  229  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00424917  hitchhiker  1.86467e-07 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00698  30S ribosomal protein S12  87.9 
 
 
124 aa  228  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000175527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  87.1 
 
 
124 aa  228  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  2.49505e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0143  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 
124 aa  228  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  8.77595e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  227  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 
123 aa  227  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0600  30S ribosomal protein S12  87.9 
 
 
124 aa  227  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00583114  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0416  30S ribosomal protein S12  87.1 
 
 
124 aa  226  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00364585  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  87.8 
 
 
123 aa  225  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0290  30S ribosomal protein S12  87.1 
 
 
124 aa  224  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.38987e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  224  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  8.13391e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3914  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  224  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.455657  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  87.1 
 
 
125 aa  224  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.46704e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4754  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0069971  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0449  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245069  unclonable  3.02311e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0482  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00887343  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
125 aa  222  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  85.48 
 
 
125 aa  222  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.34966e-11  unclonable  8.17173e-08 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
126 aa  222  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
126 aa  222  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5084  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  221  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000372419  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3440  30S ribosomal protein S12  86.29 
 
 
124 aa  221  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000139403  hitchhiker  0.000104981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0479  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  221  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135027  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0621  ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  220  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0467971  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
124 aa  220  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.96371e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4553  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  220  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0662018 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  84.68 
 
 
125 aa  218  2e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2187  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  218  2e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  6.72266e-07  normal  0.0265681 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1897  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
124 aa  218  2e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.13502e-09  normal  0.324769 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1863  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
124 aa  218  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  9.68975e-11  normal  0.252117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  217  4e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  3.78884e-05  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  217  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2174  ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  216  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.123269  normal  0.537249 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  215  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  215  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
124 aa  216  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  215  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  2.84598e-07 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  215  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0453  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
124 aa  216  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  215  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  1.19116e-07  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0762  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  214  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  83.87 
 
 
125 aa  214  3e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  2.92606e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0863  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  213  7e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
126 aa  211  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
126 aa  211  2e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
126 aa  211  2e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
126 aa  211  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  212  2e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  4.2248e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
126 aa  211  2e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 
126 aa  210  4e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 
126 aa  210  4e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 
126 aa  210  4e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  211  4e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  9.13228e-14  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 
126 aa  210  4e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>