123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_2682 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  4.65953e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  2.93612e-06  hitchhiker  4.18527e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.04834e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.00865e-08  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  9.5495e-06  hitchhiker  1.43723e-10 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.75423e-06  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.85366e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.66451e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  5.10343e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  9.57331e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  9.13492e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.2319e-09  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.42266e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0024  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.85349  decreased coverage  0.000572692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  87.32 
 
 
71 bp  69.9  8e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4237  tRNA-Cys  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.48815e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2056  tRNA-Cys  91.67 
 
 
76 bp  63.9  5e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  9.25021e-13  hitchhiker  0.000585084 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0073  tRNA-Cys  91.67 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.69177e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  88.33 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  85.92 
 
 
71 bp  61.9  2e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  89.09 
 
 
71 bp  61.9  2e-08  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  60  7e-08  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  7e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  60  7e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  85.14 
 
 
77 bp  60  7e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  7e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  88.46 
 
 
71 bp  56  1e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  89.58 
 
 
74 bp  56  1e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  83.78 
 
 
74 bp  52  2e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  2e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t063  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.0127e-05  hitchhiker  8.85042e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0057  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.118539  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0053  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0051  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.046905  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0093  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.15835e-05  hitchhiker  1.26474e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.46163e-05  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.52195e-07  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0083  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.98028e-06  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0083  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21603e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  5.88832e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0090  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0087  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.20142e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.66309e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.39962e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0068  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.11443e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0060  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.14996e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.41588e-06  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0043  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  9.26476e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0058  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>