8 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_1466 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A4740  sraB RNA  100 
 
 
169 bp  335  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.70656e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2731  SraB RNA  100 
 
 
169 bp  335  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.80375e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1466  SraB RNA  100 
 
 
169 bp  335  2e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.06954e-09  hitchhiker  1.4141e-11 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1287  SraB RNA  94.44 
 
 
168 bp  111  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00278815  hitchhiker  2.10645e-12 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1302  SraB RNA  94.44 
 
 
168 bp  111  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.11378  hitchhiker  2.42026e-09 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1258  SraB RNA  94.44 
 
 
168 bp  111  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000153878  normal  0.271631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1998  SraB RNA  94.44 
 
 
168 bp  111  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.41175e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2181  SraB RNA  94.44 
 
 
168 bp  111  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  9.64894e-05  hitchhiker  3.6206e-12 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>