More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_1224 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00991  stress protein, member of the CspA-family  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2654  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00171648  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00998  hypothetical protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2327  cold shock DNA-binding protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  5.69498e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1104  cold shock DNA-binding protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2608  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.397475  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1224  cold shock DNA-binding protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000222108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2137  cold-shock DNA-binding domain-containing protein CspH  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1098  cold shock DNA-binding protein  100 
 
 		 70 aa  144  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1329  hypothetical protein  82.86 
 
 		 70 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.635001 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2085  cold-shock DNA-binding domain protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000118561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2078  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 66 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.73 
 
 		 70 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 		 70 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.6  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 		 70 aa  72  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 		 70 aa  71.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 		 70 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  52.24 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  52.24 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 		 70 aa  69.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  47.14 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.14 
 
 		 71 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  49.25 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2092  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2085  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 		 70 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  49.25 
 
 		 71 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  47.76 
 
 		 70 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 		 70 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  45.71 
 
 		 71 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  49.25 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 		 70 aa  62.4  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  50 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  47.76 
 
 		 70 aa  62.4  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  50 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2497  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.03 
 
 		 72 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0180366  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  48.44 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  43.28 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 70 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  45.31 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>