121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_03733 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  100 
 
 		 162 aa  338  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  99.38 
 
 		 162 aa  337  4e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  87.65 
 
 		 162 aa  306  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  87.65 
 
 		 162 aa  306  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  87.65 
 
 		 162 aa  306  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  87.65 
 
 		 162 aa  306  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  87.04 
 
 		 162 aa  305  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  84.05 
 
 		 163 aa  290  8e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  74.07 
 
 		 162 aa  264  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  74.07 
 
 		 162 aa  261  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 		 162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 		 162 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  72.05 
 
 		 162 aa  248  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 162 aa  232  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  64.6 
 
 		 161 aa  232  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  63.98 
 
 		 162 aa  229  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  50 
 
 		 165 aa  156  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 166 aa  149  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  43.03 
 
 		 166 aa  144  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  41.72 
 
 		 169 aa  124  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  38.27 
 
 		 174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  34.12 
 
 		 173 aa  104  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  39.33 
 
 		 159 aa  103  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  36.67 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  36.14 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  35.71 
 
 		 177 aa  100  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  37.66 
 
 		 170 aa  97.1  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  33.55 
 
 		 166 aa  95.5  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  36.81 
 
 		 167 aa  94  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  32.54 
 
 		 179 aa  94  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  32.89 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  32.89 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  32.89 
 
 		 166 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  33.55 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 175 aa  92.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  32.89 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  32.89 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  32.89 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  35.14 
 
 		 167 aa  90.9  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  35.14 
 
 		 167 aa  90.5  9e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  29.81 
 
 		 175 aa  89.4  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  32.12 
 
 		 179 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  35.76 
 
 		 170 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  33.77 
 
 		 178 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30.26 
 
 		 168 aa  88.2  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  34.19 
 
 		 153 aa  87.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  31.25 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  25.81 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.15 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  31.01 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  23.6 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  23.38 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  23.72 
 
 		 197 aa  54.3  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  25.56 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 196 aa  53.9  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  20.26 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0046  hypothetical protein  39.08 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0040  hypothetical protein  39.08 
 
 		 177 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  24.83 
 
 		 160 aa  52.4  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  22.84 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  22.22 
 
 		 168 aa  51.6  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2239  NusG antitermination factor  25.74 
 
 		 179 aa  50.8  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000688878  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  23.78 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.85 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0202  NusG antitermination factor  25.28 
 
 		 175 aa  49.7  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100106  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  22.08 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  21.94 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  26.97 
 
 		 174 aa  48.5  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  25.95 
 
 		 207 aa  48.5  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  22.29 
 
 		 175 aa  48.1  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  24 
 
 		 184 aa  47.8  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  26.71 
 
 		 175 aa  47.4  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  21.57 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  25 
 
 		 194 aa  47  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2954  NusG antitermination factor  25.26 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000249386  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.38 
 
 		 194 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3694  NusG antitermination factor  19.74 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000043421  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  20.75 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  25.6 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  23.57 
 
 		 174 aa  45.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  24.69 
 
 		 183 aa  45.1  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1362  NusG antitermination factor  23.68 
 
 		 185 aa  45.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0821693  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  23.75 
 
 		 188 aa  45.4  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  23.26 
 
 		 176 aa  45.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21030  transcription antitermination protein nusG  24.31 
 
 		 296 aa  44.7  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0843287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  22.94 
 
 		 172 aa  45.1  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2406  transcription antitermination protein NusG  28.21 
 
 		 185 aa  44.7  0.0006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00337578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  28 
 
 		 174 aa  44.3  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  22.78 
 
 		 179 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  23.67 
 
 		 243 aa  43.5  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>