More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_03638 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03638  ribokinase  100 
 
 
309 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  99.35 
 
 
314 aa  613  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  99.68 
 
 
314 aa  615  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  100 
 
 
309 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  99.35 
 
 
309 aa  614  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  99.35 
 
 
309 aa  614  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  99.35 
 
 
309 aa  614  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  98.71 
 
 
309 aa  610  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  99.03 
 
 
309 aa  612  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  88.96 
 
 
309 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  88.64 
 
 
309 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  88.64 
 
 
309 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  88.64 
 
 
309 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  88.64 
 
 
309 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  84.14 
 
 
314 aa  481  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  71.57 
 
 
308 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  74.34 
 
 
308 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  72.09 
 
 
308 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  72.09 
 
 
308 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  72.09 
 
 
308 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  73.36 
 
 
308 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  71.75 
 
 
310 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  73.36 
 
 
318 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  58.94 
 
 
307 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  59.41 
 
 
305 aa  344  8e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  59.93 
 
 
305 aa  343  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  60.54 
 
 
306 aa  339  4e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  57.14 
 
 
308 aa  335  3.9999999999999995e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  55.63 
 
 
317 aa  333  3e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  55.85 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  49.66 
 
 
303 aa  266  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  47.99 
 
 
303 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  47.99 
 
 
303 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  47.65 
 
 
303 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  47.65 
 
 
303 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  48.99 
 
 
304 aa  258  7e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  47.65 
 
 
303 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  47.65 
 
 
301 aa  257  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  47.32 
 
 
303 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  48.48 
 
 
309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  44.63 
 
 
303 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  48.15 
 
 
309 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  45.61 
 
 
302 aa  247  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  45.3 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  43.33 
 
 
310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  46.13 
 
 
299 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  42.67 
 
 
310 aa  243  3e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  46.33 
 
 
306 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  48.99 
 
 
303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  41.89 
 
 
340 aa  235  7e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  44.19 
 
 
310 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  42.57 
 
 
307 aa  233  3e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  40.46 
 
 
308 aa  233  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  40.94 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  40.94 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  45 
 
 
308 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  45.33 
 
 
315 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  44.52 
 
 
308 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  44.67 
 
 
312 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  47.97 
 
 
308 aa  228  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  45.18 
 
 
308 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  44.63 
 
 
302 aa  226  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  46.96 
 
 
299 aa  226  3e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  41.12 
 
 
305 aa  226  4e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  44.85 
 
 
308 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  44.59 
 
 
308 aa  223  3e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  45.27 
 
 
306 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  47.54 
 
 
305 aa  222  7e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  41.86 
 
 
307 aa  221  9e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  41.42 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  44.19 
 
 
309 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  45.14 
 
 
295 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  44.55 
 
 
311 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  44.55 
 
 
311 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  48 
 
 
304 aa  218  7.999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  44.55 
 
 
311 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  42.45 
 
 
319 aa  217  2e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  46.36 
 
 
321 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  43.23 
 
 
302 aa  216  5e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  36.98 
 
 
345 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  40.13 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  43.93 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  43.85 
 
 
305 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.14 
 
 
309 aa  210  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.6 
 
 
311 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  42.59 
 
 
313 aa  209  4e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  41.46 
 
 
424 aa  209  5e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  36.07 
 
 
308 aa  208  1e-52  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  39.51 
 
 
398 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  40.45 
 
 
313 aa  206  6e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  44.37 
 
 
321 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  41.28 
 
 
305 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  44.59 
 
 
305 aa  202  7e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  41.55 
 
 
302 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  41.89 
 
 
302 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  41.04 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  47.47 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  47.47 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  39.04 
 
 
403 aa  199  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40.88 
 
 
302 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>