More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_03176 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  100 
 
 		 338 aa  692    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  100 
 
 		 338 aa  692    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  98.03 
 
 		 650 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  97.54 
 
 		 654 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  97.54 
 
 		 654 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  49.01 
 
 		 714 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  50.73 
 
 		 716 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  49.48 
 
 		 707 aa  209  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  50.26 
 
 		 724 aa  209  8e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  50.25 
 
 		 703 aa  207  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  47.96 
 
 		 703 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  46.43 
 
 		 705 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  46.43 
 
 		 706 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  46.43 
 
 		 705 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  46.43 
 
 		 704 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  49.48 
 
 		 655 aa  206  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  48.45 
 
 		 714 aa  206  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  49.21 
 
 		 710 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  46.43 
 
 		 704 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  47.26 
 
 		 710 aa  203  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  45.92 
 
 		 702 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  45.92 
 
 		 700 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  45.92 
 
 		 700 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  47.37 
 
 		 662 aa  202  8e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  46.94 
 
 		 705 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  50.28 
 
 		 640 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  50.28 
 
 		 640 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  45.6 
 
 		 689 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  43.78 
 
 		 674 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  41.78 
 
 		 672 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  43.28 
 
 		 697 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  45.5 
 
 		 681 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  46.33 
 
 		 658 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  41.97 
 
 		 675 aa  184  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  45.3 
 
 		 686 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  45.3 
 
 		 686 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  45.3 
 
 		 686 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  45.3 
 
 		 686 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  44.75 
 
 		 686 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  40.22 
 
 		 660 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  38 
 
 		 640 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 		 640 aa  151  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  37.5 
 
 		 640 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  41.4 
 
 		 791 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  41.4 
 
 		 791 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  44.52 
 
 		 696 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  36.82 
 
 		 775 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  41.91 
 
 		 807 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  44.19 
 
 		 787 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  41.91 
 
 		 803 aa  105  9e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  34.5 
 
 		 774 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  34.5 
 
 		 774 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  35 
 
 		 780 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  47.71 
 
 		 744 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  34.5 
 
 		 771 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  34.5 
 
 		 777 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  40.44 
 
 		 805 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  43.97 
 
 		 804 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  31.46 
 
 		 655 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  45.87 
 
 		 781 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  50 
 
 		 747 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  42.31 
 
 		 810 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.89 
 
 		 673 aa  100  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 750 aa  99  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  45.65 
 
 		 738 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  46.94 
 
 		 757 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  45.77 
 
 		 725 aa  97.4  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  30.05 
 
 		 658 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 658 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  46.43 
 
 		 789 aa  97.1  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  41.88 
 
 		 783 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  44.95 
 
 		 645 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  41.09 
 
 		 803 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  41.09 
 
 		 803 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  48.54 
 
 		 717 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  45.92 
 
 		 791 aa  96.3  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  38.1 
 
 		 814 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  44.55 
 
 		 793 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  28.86 
 
 		 670 aa  94.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  51.16 
 
 		 787 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  42.11 
 
 		 682 aa  95.1  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  27.45 
 
 		 666 aa  93.6  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  41.67 
 
 		 732 aa  93.6  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  50.57 
 
 		 634 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  43.97 
 
 		 748 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  49 
 
 		 703 aa  90.9  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  39.06 
 
 		 740 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  41.94 
 
 		 702 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  39.61 
 
 		 758 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  40.65 
 
 		 781 aa  89.4  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  42.42 
 
 		 904 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  36.62 
 
 		 728 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  40 
 
 		 897 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  42.42 
 
 		 902 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  42.98 
 
 		 776 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>