299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_03011 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  100 
 
 
838 aa  1730    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.64 
 
 
838 aa  1724    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  99.52 
 
 
838 aa  1723    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  100 
 
 
838 aa  1730    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.52 
 
 
838 aa  1723    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  99.64 
 
 
838 aa  1723    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  99.16 
 
 
863 aa  1719    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.35 
 
 
851 aa  719    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  41.91 
 
 
842 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  41.91 
 
 
842 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  41.91 
 
 
842 aa  629  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  42.55 
 
 
851 aa  616  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.33 
 
 
837 aa  599  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.06 
 
 
876 aa  581  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.39 
 
 
840 aa  582  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  39.63 
 
 
809 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  39.55 
 
 
888 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  39.88 
 
 
809 aa  578  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  39.63 
 
 
809 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  39.43 
 
 
888 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  39.43 
 
 
873 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  39.76 
 
 
809 aa  575  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  39.43 
 
 
888 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  39.76 
 
 
809 aa  575  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  39.67 
 
 
888 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  37.97 
 
 
870 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.053453 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.74 
 
 
866 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  38.99 
 
 
866 aa  568  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  38.08 
 
 
870 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  37.97 
 
 
870 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  37.6 
 
 
863 aa  566  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  38.62 
 
 
866 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  37.41 
 
 
878 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  38.62 
 
 
866 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  38.39 
 
 
878 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  38.74 
 
 
866 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  38.74 
 
 
866 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  37.41 
 
 
878 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  38.51 
 
 
856 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  37.85 
 
 
870 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  37.73 
 
 
870 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.3 
 
 
878 aa  561  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.83 
 
 
833 aa  560  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  38.69 
 
 
866 aa  556  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.43 
 
 
877 aa  556  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  37.56 
 
 
869 aa  556  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  37.44 
 
 
869 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  37.44 
 
 
869 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.41 
 
 
867 aa  552  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.44 
 
 
869 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  37.44 
 
 
869 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  37.09 
 
 
869 aa  548  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  37.56 
 
 
848 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  38.36 
 
 
839 aa  545  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  38.77 
 
 
840 aa  543  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  37.56 
 
 
848 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  37.67 
 
 
848 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  37.56 
 
 
848 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  37.44 
 
 
848 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  36.91 
 
 
844 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  37.19 
 
 
871 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  35.54 
 
 
836 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  34.02 
 
 
850 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  33.9 
 
 
833 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  37.67 
 
 
740 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  33.78 
 
 
833 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  34.02 
 
 
833 aa  469  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  35.18 
 
 
836 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  35.77 
 
 
836 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.41 
 
 
866 aa  458  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  35.54 
 
 
836 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.88 
 
 
871 aa  453  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.39 
 
 
867 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.96 
 
 
930 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  34.71 
 
 
913 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  34.18 
 
 
939 aa  451  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  34.71 
 
 
914 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 
844 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.47 
 
 
872 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  34.59 
 
 
914 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.47 
 
 
850 aa  445  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.89 
 
 
859 aa  442  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  35.31 
 
 
839 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.49 
 
 
1040 aa  445  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.82 
 
 
835 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.8 
 
 
852 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.74 
 
 
823 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.36 
 
 
963 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  34.85 
 
 
901 aa  436  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.31 
 
 
831 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.73 
 
 
901 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.29 
 
 
828 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.94 
 
 
861 aa  433  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.16 
 
 
856 aa  436  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.76 
 
 
875 aa  432  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  35.98 
 
 
823 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  35.98 
 
 
823 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.76 
 
 
875 aa  432  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.27 
 
 
884 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.33 
 
 
851 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>