More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_02836 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  100 
 
 
407 aa  815  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.56909e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  98.28 
 
 
407 aa  800  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  99.02 
 
 
407 aa  808  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.750263 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  100 
 
 
407 aa  815  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  2.09561e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  97.79 
 
 
407 aa  748  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  98.53 
 
 
407 aa  806  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  55.01 
 
 
405 aa  461  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  56.51 
 
 
406 aa  460  1e-128  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  57.35 
 
 
407 aa  454  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  55.72 
 
 
407 aa  455  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  56.45 
 
 
407 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  56.2 
 
 
410 aa  453  1e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  56.45 
 
 
407 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  56.45 
 
 
407 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  56.45 
 
 
407 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  54.61 
 
 
407 aa  446  1e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  54.28 
 
 
406 aa  447  1e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  55.5 
 
 
407 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  53.16 
 
 
413 aa  440  1e-122  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  54.28 
 
 
406 aa  439  1e-122  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  56.72 
 
 
407 aa  439  1e-122  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  56.72 
 
 
407 aa  439  1e-122  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  56.79 
 
 
407 aa  439  1e-122  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  57.21 
 
 
408 aa  435  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  51.7 
 
 
406 aa  428  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  54.07 
 
 
407 aa  428  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  53.68 
 
 
405 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  55.99 
 
 
407 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  55.17 
 
 
407 aa  428  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  53.63 
 
 
396 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  56.45 
 
 
407 aa  424  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  56.31 
 
 
408 aa  421  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  54.39 
 
 
408 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  54.03 
 
 
408 aa  411  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  54.99 
 
 
408 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  49.14 
 
 
403 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  49.01 
 
 
404 aa  360  3e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.17266e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  47.54 
 
 
405 aa  355  5e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  47.29 
 
 
405 aa  353  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  46.06 
 
 
404 aa  347  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  46.31 
 
 
403 aa  343  3e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  48.4 
 
 
405 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0386  general secretion pathway protein F  45.41 
 
 
398 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03129  hypothetical protein  45.41 
 
 
398 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0386  general secretion pathway protein F  45.41 
 
 
398 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3521  general secretion pathway protein F  45.41 
 
 
398 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.373913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  45.41 
 
 
398 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  46.72 
 
 
410 aa  323  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  45.21 
 
 
407 aa  321  1e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  40.99 
 
 
399 aa  318  8e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  46.7 
 
 
405 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  40.39 
 
 
399 aa  316  4e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  4e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  39.95 
 
 
405 aa  303  5e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3267  general secretion pathway protein F  38.02 
 
 
400 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.71586e-07  hitchhiker  7.9941e-15 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  39.71 
 
 
405 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  41.75 
 
 
411 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0955  general secretion pathway protein F  37.53 
 
 
400 aa  299  5e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.110988  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1006  type II secretion system protein  37.78 
 
 
400 aa  298  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  38.97 
 
 
405 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  39.22 
 
 
405 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  40 
 
 
399 aa  296  4e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  42.65 
 
 
400 aa  296  5e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  7.34436e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  38.73 
 
 
405 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  38.97 
 
 
405 aa  293  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  39.61 
 
 
405 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  38.48 
 
 
405 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  41.56 
 
 
403 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  41.36 
 
 
403 aa  285  1e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  39.9 
 
 
409 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  41.32 
 
 
403 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  38.78 
 
 
403 aa  274  2e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  38.44 
 
 
405 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  41.52 
 
 
404 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  41.28 
 
 
404 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  39.71 
 
 
408 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  39.13 
 
 
411 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  42.33 
 
 
400 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0118  type II secretion system protein  36.54 
 
 
405 aa  259  5e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.423729  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  38.39 
 
 
405 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  42.57 
 
 
400 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2583  type II secretion system protein  42.51 
 
 
406 aa  256  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.711368  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  36.74 
 
 
411 aa  255  9e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1331  general secretion pathway protein F  37.23 
 
 
410 aa  254  2e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466659  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0684  general secretion pathway protein F  37.59 
 
 
409 aa  253  4e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0719  general secretion pathway protein F  37.62 
 
 
409 aa  252  8e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.975907  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0718  general secretion pathway protein F  37.62 
 
 
409 aa  252  8e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0663  general secretion pathway protein F  38.24 
 
 
409 aa  250  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0642  general secretion pathway protein F  38.24 
 
 
409 aa  250  4e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  38.18 
 
 
405 aa  249  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>