More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_02308 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  624  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.81621e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  624  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.0142e-07  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  100 
 
 
308 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.58143e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  624  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.41101e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 
308 aa  623  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.07011e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 
308 aa  623  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
308 aa  623  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.01069e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  98.7 
 
 
308 aa  619  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.59787e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  98.05 
 
 
308 aa  612  1e-174  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  79.22 
 
 
308 aa  494  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  78.9 
 
 
308 aa  493  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  78.9 
 
 
308 aa  493  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  78.9 
 
 
308 aa  493  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  78.9 
 
 
308 aa  493  1e-138  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  80.72 
 
 
311 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  68.17 
 
 
306 aa  391  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.58 
 
 
304 aa  301  6e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 
301 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  4.54001e-05 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 
300 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 
300 aa  295  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
300 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 
300 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
300 aa  286  3e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  9.07778e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
300 aa  284  1e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 
300 aa  283  3e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 
300 aa  282  4e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  51.38 
 
 
300 aa  282  6e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 
300 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 
300 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 
298 aa  275  8e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 
300 aa  274  1e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 
305 aa  273  2e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  48.97 
 
 
297 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 
297 aa  228  8e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  47.24 
 
 
298 aa  228  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
309 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
310 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
323 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2261  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
327 aa  182  8e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015207  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
340 aa  180  3e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
312 aa  174  2e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
313 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  167  3e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
297 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
297 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
297 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
302 aa  164  1e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
317 aa  163  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.30864e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
305 aa  163  4e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
299 aa  163  4e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
317 aa  163  4e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 
317 aa  163  4e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 
317 aa  163  4e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
305 aa  163  4e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
317 aa  163  4e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  34.81 
 
 
297 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32.65 
 
 
300 aa  162  8e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
322 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
297 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
317 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
300 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
317 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.27 
 
 
302 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
304 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
305 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
307 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
307 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
300 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
298 aa  152  6e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
307 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
299 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
316 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
313 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
295 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
305 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
295 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
305 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
294 aa  150  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
307 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 
298 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
295 aa  148  1e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
295 aa  146  4e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
298 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
298 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
295 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 
297 aa  145  8e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
315 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  35.81 
 
 
301 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
293 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
304 aa  141  1e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>