171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01085 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01085  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.24601e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2512  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.54704e-08  hitchhiker  5.14777e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2235  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.5686e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1468  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  9.475e-10  hitchhiker  1.13971e-11 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2038  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.93303e-11  hitchhiker  2.54001e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1211  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.31511e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01093  hypothetical protein  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.04927e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2558  ribosomal protein L32  100 
 
 
57 aa  117  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  3.21504e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1604  50S ribosomal protein L32  94.74 
 
 
57 aa  113  8e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.54666e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2507  50S ribosomal protein L32  87.72 
 
 
56 aa  101  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.63859e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1682  50S ribosomal protein L32  89.29 
 
 
55 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.76962e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1574  50S ribosomal protein L32  89.29 
 
 
55 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.66965e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3503  50S ribosomal protein L32  89.29 
 
 
55 aa  101  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.66571e-08  hitchhiker  0.00520609 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2812  50S ribosomal protein L32  87.72 
 
 
56 aa  100  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.38596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1583  50S ribosomal protein L32  82.46 
 
 
56 aa  98.6  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000129748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1902  50S ribosomal protein L32  87.5 
 
 
55 aa  99.4  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  6.63482e-10  hitchhiker  5.21877e-06 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1619  50S ribosomal protein L32  80.7 
 
 
56 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  5.29201e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1611  50S ribosomal protein L32  77.19 
 
 
56 aa  90.5  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.23515e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  78.57 
 
 
56 aa  89.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  8.4206e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1626  50S ribosomal protein L32  76.36 
 
 
60 aa  89  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.904867  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1984  50S ribosomal protein L32  77.19 
 
 
56 aa  89.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.09039e-08  decreased coverage  0.000595562 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1085  ribosomal protein L32  76.36 
 
 
57 aa  88.6  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444858  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2297  50S ribosomal protein L32  75.44 
 
 
56 aa  88.2  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.39706e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02912  50S ribosomal protein L32  75.44 
 
 
56 aa  87.8  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0438  ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  88.2  4e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002992  LSU ribosomal protein L32p  75.44 
 
 
56 aa  87.8  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.26442e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1578  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  4.27195e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2400  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.18296e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2562  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.44666e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2470  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.46933e-07  hitchhiker  0.00550798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1715  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.25062e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2652  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.78579e-11  hitchhiker  3.33205e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1712  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.29996e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1755  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.34053e-09  normal  0.279951 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2780  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87.4  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1495  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  87  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.37731e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2005  50S ribosomal protein L32  73.21 
 
 
64 aa  87  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2126  ribosomal protein L32  71.43 
 
 
56 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.625409  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2237  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  85.5  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0287764  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1599  50S ribosomal protein L32  75.44 
 
 
56 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.42659e-09  hitchhiker  0.00352794 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2498  50S ribosomal protein L32  73.68 
 
 
56 aa  84.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.63288e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2628  ribosomal protein L32  71.93 
 
 
56 aa  84.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.00434e-08  hitchhiker  1.42207e-06 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14890  50S ribosomal protein L32  70.18 
 
 
60 aa  82.8  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2038  ribosomal protein L32  71.93 
 
 
56 aa  82  2e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.3625e-07  normal  0.0132901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2191  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
60 aa  81.3  5e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4160  50S ribosomal protein L32  71.93 
 
 
60 aa  80.9  5e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340521  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25630  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
60 aa  81.3  5e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000532355  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3835  ribosomal protein L32  71.93 
 
 
60 aa  80.9  6e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.460634  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1644  50S ribosomal protein L32  71.93 
 
 
60 aa  80.9  6e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119469  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2129  ribosomal protein L32  72.73 
 
 
59 aa  80.9  6e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120071  normal  0.0237649 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  67.27 
 
 
59 aa  80.5  8e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1113  50S ribosomal protein L32  69.64 
 
 
64 aa  80.1  9e-15  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1207  50S ribosomal protein L32  69.64 
 
 
64 aa  80.1  9e-15  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1625  50S ribosomal protein L32  70.18 
 
 
60 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.701038 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1598  50S ribosomal protein L32P  70.91 
 
 
56 aa  79.7  1e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.208872  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1522  50S ribosomal protein L32  68.42 
 
 
60 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.484698 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  70.91 
 
 
65 aa  79.3  2e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0868  50S ribosomal protein L32  69.09 
 
 
64 aa  78.6  2e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1911  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.361385  unclonable  1.74861e-07 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1487  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3803  50S ribosomal protein L32  66.67 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2267  50S ribosomal protein L32  67.27 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0708  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
57 aa  77.4  6e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1237  50S ribosomal protein L32  70.37 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.409262  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0995  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1509  50S ribosomal protein L32  66.07 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0171128  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1425  50S ribosomal protein L32  67.27 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.249628  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2432  50S ribosomal protein L32  67.27 
 
 
59 aa  77.4  6e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0978  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
59 aa  77  8e-14  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0979958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2185  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
59 aa  76.3  1e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.409214  normal  0.0976531 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1553  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
59 aa  76.6  1e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198496  normal  0.0691397 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1181  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
60 aa  76.6  1e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3652  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1808  ribosomal protein L32  64.91 
 
 
62 aa  76.3  1e-13  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.253284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3254  ribosomal protein L32  63.64 
 
 
60 aa  76.3  1e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000244715  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1070  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793355  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2914  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0999  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.852349  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  64.91 
 
 
65 aa  75.5  2e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1077  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.990769 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4231  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0358913  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1119  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0396  50S ribosomal protein L32  65.45 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1070  50S ribosomal protein L32  69.09 
 
 
59 aa  75.5  2e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.772826  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3282  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 
60 aa  75.9  2e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2635  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 
60 aa  75.9  2e-13  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1048  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.5  2e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0639  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.9  2e-13  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492807  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1387  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 
60 aa  74.7  3e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0528  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1805  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1715  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2855  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2482  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.130811  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0913  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0957314 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2909  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2794  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317349  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02705  50S ribosomal protein L32  71.7 
 
 
62 aa  75.1  3e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2800  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
59 aa  75.1  3e-13  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0634  50S ribosomal protein L32  63.64 
 
 
60 aa  74.7  4e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.307696  normal  0.0979505 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>