165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00933 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  100 
 
 
362 aa  720    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  100 
 
 
362 aa  720    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  100 
 
 
362 aa  720    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  99.45 
 
 
362 aa  714    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  100 
 
 
362 aa  720    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  98.9 
 
 
362 aa  711    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  100 
 
 
362 aa  720    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  98.9 
 
 
362 aa  711    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  92.56 
 
 
357 aa  652    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  60.16 
 
 
351 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  59.68 
 
 
371 aa  431  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  60.16 
 
 
351 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  59.68 
 
 
371 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  59.95 
 
 
371 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  60.16 
 
 
351 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  60.16 
 
 
351 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  60.16 
 
 
351 aa  430  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  59.62 
 
 
351 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  60.11 
 
 
365 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  59.07 
 
 
351 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  59.94 
 
 
345 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  59.94 
 
 
345 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  57.42 
 
 
350 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  61.96 
 
 
362 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  61.96 
 
 
362 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  59.24 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  61.96 
 
 
362 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  60.58 
 
 
373 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  60.65 
 
 
359 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  61.96 
 
 
362 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  56.32 
 
 
350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  59.21 
 
 
372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  56.32 
 
 
350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  56.32 
 
 
350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  59.58 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  56.04 
 
 
350 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000741681 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  56.32 
 
 
350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  59.32 
 
 
367 aa  404  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  59.79 
 
 
363 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  59.16 
 
 
367 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  58.1 
 
 
376 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  59.52 
 
 
364 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  58.1 
 
 
376 aa  399  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  57.29 
 
 
383 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  58.71 
 
 
360 aa  395  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  59.89 
 
 
369 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  57.51 
 
 
378 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  58.54 
 
 
363 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  58.54 
 
 
363 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  58.4 
 
 
378 aa  393  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  58.54 
 
 
363 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  58.54 
 
 
363 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  58.54 
 
 
363 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  58.03 
 
 
378 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  58.03 
 
 
378 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  57.25 
 
 
378 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  57.29 
 
 
368 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  58.03 
 
 
378 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  57.94 
 
 
370 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  57.03 
 
 
366 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  57.03 
 
 
366 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  58.65 
 
 
357 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  58.65 
 
 
357 aa  384  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  57.18 
 
 
388 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1572  outer membrane protein N  57.11 
 
 
380 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  57.54 
 
 
383 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  57.88 
 
 
360 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  57.88 
 
 
360 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01348  outer membrane pore protein N, non-specific  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2269  porin Gram-negative type  56.83 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.421789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1614  outer membrane protein N  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.51983  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  54.95 
 
 
373 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  57.03 
 
 
383 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  57.99 
 
 
360 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1463  outer membrane protein N  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.510785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01360  hypothetical protein  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1560  outer membrane protein N  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2279  porin  57.1 
 
 
377 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  55.29 
 
 
371 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  55.29 
 
 
371 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  55.29 
 
 
371 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  54.28 
 
 
360 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  54.28 
 
 
360 aa  368  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  54.28 
 
 
360 aa  368  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  53.25 
 
 
387 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  56.67 
 
 
372 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1589  outer membrane porin protein LC  60.42 
 
 
333 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.810656  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  54.32 
 
 
398 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  54.07 
 
 
398 aa  353  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  54.05 
 
 
400 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02101  hypothetical protein  57.6 
 
 
329 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1637  porin Gram-negative type  54.42 
 
 
363 aa  342  8e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000904946  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  51.22 
 
 
403 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1666  porin Gram-negative type  53.09 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000017605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02142  outer membrane porin protein C  58.62 
 
 
311 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  52.38 
 
 
372 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  52.38 
 
 
372 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  52.38 
 
 
372 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  52.38 
 
 
372 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  52.38 
 
 
372 aa  328  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>