More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00482 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  71.3 
 
 		 870 aa  1306    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  47.52 
 
 		 873 aa  769    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  100 
 
 		 869 aa  1786    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  44.84 
 
 		 866 aa  744    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  44.84 
 
 		 866 aa  744    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  47.15 
 
 		 878 aa  810    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  47.52 
 
 		 888 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.07 
 
 		 866 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.19 
 
 		 867 aa  1763    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.04 
 
 		 878 aa  806    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  71.06 
 
 		 870 aa  1304    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  45.07 
 
 		 866 aa  742    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  99.31 
 
 		 869 aa  1771    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  47.63 
 
 		 856 aa  803    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  40.19 
 
 		 842 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  47.52 
 
 		 888 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  47.4 
 
 		 888 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  47.15 
 
 		 878 aa  806    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  70.95 
 
 		 870 aa  1305    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  100 
 
 		 869 aa  1786    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  40.19 
 
 		 842 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  48.16 
 
 		 876 aa  810    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  71.06 
 
 		 870 aa  1301    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  45.19 
 
 		 866 aa  748    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  47.64 
 
 		 888 aa  771    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  47.63 
 
 		 863 aa  806    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  99.42 
 
 		 869 aa  1774    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  45.19 
 
 		 866 aa  749    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  40.19 
 
 		 842 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  45.19 
 
 		 866 aa  753    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  42.54 
 
 		 871 aa  679    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  99.77 
 
 		 869 aa  1779    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.77 
 
 		 869 aa  1780    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  47.15 
 
 		 878 aa  810    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  71.06 
 
 		 870 aa  1303    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  62.83 
 
 		 833 aa  1139    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.22 
 
 		 877 aa  800    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.56 
 
 		 837 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  41.75 
 
 		 851 aa  627  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.68 
 
 		 840 aa  625  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  43.78 
 
 		 740 aa  620  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  38.08 
 
 		 848 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  37.29 
 
 		 844 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  37.86 
 
 		 848 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  37.74 
 
 		 848 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  37.74 
 
 		 848 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  36.8 
 
 		 839 aa  560  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  37.51 
 
 		 848 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  37.54 
 
 		 840 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  37.63 
 
 		 809 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  37.51 
 
 		 809 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  37.44 
 
 		 838 aa  544  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.56 
 
 		 838 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  37.4 
 
 		 809 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  37.56 
 
 		 863 aa  545  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  37.51 
 
 		 809 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  37.4 
 
 		 809 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  37.44 
 
 		 838 aa  544  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  37.94 
 
 		 838 aa  545  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  37.56 
 
 		 838 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.44 
 
 		 838 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.21 
 
 		 871 aa  527  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  37.38 
 
 		 850 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  37.14 
 
 		 833 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  37.14 
 
 		 833 aa  525  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  37.14 
 
 		 833 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.35 
 
 		 851 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.58 
 
 		 859 aa  484  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.76 
 
 		 839 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  34.56 
 
 		 901 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.44 
 
 		 901 aa  468  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.91 
 
 		 867 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.64 
 
 		 866 aa  452  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.81 
 
 		 844 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  34.98 
 
 		 836 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.69 
 
 		 861 aa  443  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.77 
 
 		 880 aa  445  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.37 
 
 		 850 aa  445  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  35.34 
 
 		 836 aa  446  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.49 
 
 		 886 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.35 
 
 		 823 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  35.38 
 
 		 836 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 		 872 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  34.76 
 
 		 939 aa  436  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  33.33 
 
 		 839 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.93 
 
 		 884 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.55 
 
 		 828 aa  435  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  35.34 
 
 		 836 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  34.47 
 
 		 823 aa  432  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  33.37 
 
 		 913 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  34.47 
 
 		 823 aa  432  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  33.37 
 
 		 914 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.09 
 
 		 1040 aa  429  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  33.26 
 
 		 914 aa  428  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.94 
 
 		 851 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  31.68 
 
 		 870 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.68 
 
 		 870 aa  422  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.65 
 
 		 930 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.78 
 
 		 963 aa  419  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.38 
 
 		 851 aa  414  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>