85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00439 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00439  conserved inner membrane protein  100 
 
 
151 aa  293  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00444  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  293  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0567  nodulation efficiency family protein  98.68 
 
 
152 aa  291  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0527  nodulation efficiency family protein  98.68 
 
 
152 aa  291  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3128  hypothetical protein  98.68 
 
 
152 aa  291  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  7.72435e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0423  nodulation efficiency family protein  98.01 
 
 
152 aa  291  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3122  protein of unknown function DUF107  98.68 
 
 
152 aa  291  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0592  nodulation efficiency family protein  97.99 
 
 
152 aa  266  9e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.685146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0537  nodulation efficiency family protein  97.99 
 
 
152 aa  265  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0549  inner membrane protein YbbJ  83.89 
 
 
150 aa  234  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  73.15 
 
 
150 aa  216  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0547  inner membrane protein YbbJ  85.23 
 
 
150 aa  212  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0608  hypothetical protein  85.23 
 
 
150 aa  212  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0564  inner membrane protein YbbJ  85.23 
 
 
150 aa  212  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0554  inner membrane protein YbbJ  85.23 
 
 
150 aa  212  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  61.59 
 
 
153 aa  163  7e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  3.02368e-07 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  60 
 
 
151 aa  162  2e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  60 
 
 
151 aa  161  2e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  58.67 
 
 
149 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  58.67 
 
 
149 aa  158  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  58.67 
 
 
149 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  60.54 
 
 
151 aa  153  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  59.18 
 
 
149 aa  149  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  42.14 
 
 
153 aa  112  2e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  42.34 
 
 
149 aa  107  4e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  40.14 
 
 
153 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  39.57 
 
 
148 aa  101  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0281  membrane protein  35.76 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  38.46 
 
 
150 aa  90.9  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  34.53 
 
 
153 aa  90.1  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3111  hypothetical protein  40.16 
 
 
147 aa  89.4  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  33.88 
 
 
149 aa  88.2  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1881  hypothetical protein  36.62 
 
 
150 aa  88.2  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471447  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  33.33 
 
 
148 aa  85.9  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  38.13 
 
 
153 aa  85.1  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  32.59 
 
 
147 aa  82  3e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  34.97 
 
 
155 aa  80.1  1e-14  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  35.77 
 
 
148 aa  79.3  2e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  34.27 
 
 
155 aa  77.8  5e-14  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2220  hypothetical protein  34.06 
 
 
153 aa  77  9e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  34.81 
 
 
149 aa  75.5  3e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  36.55 
 
 
153 aa  74.7  4e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  37.59 
 
 
150 aa  74.3  6e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  36.11 
 
 
151 aa  73.6  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  36.43 
 
 
144 aa  71.6  4e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  34.51 
 
 
153 aa  71.6  4e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  33.33 
 
 
144 aa  70.9  5e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  34.78 
 
 
149 aa  70.9  5e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  34.68 
 
 
151 aa  70.5  8e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4420  hypothetical protein  29.53 
 
 
151 aa  67.4  7e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5956  hypothetical protein  35.38 
 
 
156 aa  67  8e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755267  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0930  hypothetical protein  35.04 
 
 
148 aa  66.2  1e-10  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0572  regulator of membrane protease activity  34.56 
 
 
147 aa  65.5  2e-10  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  29.13 
 
 
138 aa  63.5  1e-09  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  30.47 
 
 
143 aa  63.2  1e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  37.96 
 
 
151 aa  61.2  4e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  31.3 
 
 
152 aa  60.1  1e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  32.85 
 
 
157 aa  58.2  3e-08  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2063  hypothetical protein  28.17 
 
 
142 aa  58.5  3e-08  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00757659  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2173  hypothetical protein  27.97 
 
 
142 aa  58.2  4e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2145  hypothetical protein  27.97 
 
 
142 aa  58.2  4e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3244  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  57.4  6e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00265616  normal  0.45038 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3074  protein of unknown function DUF107  34.74 
 
 
147 aa  57.4  7e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.091218 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1879  hypothetical protein  27.97 
 
 
142 aa  57  8e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2105  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  56.2  1e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1889  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  56.2  1e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  56.2  2e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1927  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  55.5  2e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2074  hypothetical protein  27.46 
 
 
142 aa  55.5  2e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1879  hypothetical protein  31.85 
 
 
160 aa  55.1  3e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0165803  normal  0.0358717 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1559  hypothetical protein  26.76 
 
 
142 aa  53.9  7e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.151405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  30.87 
 
 
150 aa  53.1  1e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1846  hypothetical protein  29.05 
 
 
153 aa  48.1  4e-05  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.204323  normal  0.0132683 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  26.21 
 
 
140 aa  47.4  6e-05  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  26.9 
 
 
154 aa  47.4  7e-05  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  25.52 
 
 
140 aa  46.2  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  25.69 
 
 
150 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  26.43 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  25.87 
 
 
143 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2128  hypothetical protein  26.53 
 
 
165 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.639111 
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  23.45 
 
 
154 aa  42.7  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  23.78 
 
 
145 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  25.87 
 
 
145 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1315  hypothetical protein  26.85 
 
 
137 aa  41.2  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00290766  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  27.01 
 
 
147 aa  40.8  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>