More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00044 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  100 
 
 		 504 aa  1016    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.8 
 
 		 504 aa  1014    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  99.6 
 
 		 504 aa  1013    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.43 
 
 		 505 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  68.6 
 
 		 514 aa  733    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  100 
 
 		 504 aa  1016    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  68.2 
 
 		 514 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.43 
 
 		 505 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.43 
 
 		 505 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.21 
 
 		 504 aa  1007    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  69.46 
 
 		 519 aa  728    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.6 
 
 		 504 aa  1013    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.43 
 
 		 505 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  96.43 
 
 		 505 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.6 
 
 		 504 aa  1013    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  99.8 
 
 		 504 aa  1014    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  42.4 
 
 		 507 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  37.7 
 
 		 508 aa  366  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  35.47 
 
 		 632 aa  278  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  33.78 
 
 		 586 aa  269  8.999999999999999e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  33.55 
 
 		 650 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  34.75 
 
 		 593 aa  266  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  33.69 
 
 		 650 aa  266  7e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  31.85 
 
 		 542 aa  262  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  33.05 
 
 		 584 aa  255  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  29.59 
 
 		 532 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  28.95 
 
 		 536 aa  242  9e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  28.95 
 
 		 536 aa  242  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  28.95 
 
 		 536 aa  242  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  30.72 
 
 		 525 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  28.75 
 
 		 536 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  30.66 
 
 		 527 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  29.45 
 
 		 481 aa  233  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  29.45 
 
 		 476 aa  233  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  29.45 
 
 		 481 aa  233  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  29.45 
 
 		 481 aa  233  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.76 
 
 		 503 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  30.59 
 
 		 540 aa  229  1e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  32.26 
 
 		 498 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  26.57 
 
 		 548 aa  225  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  26.77 
 
 		 548 aa  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  26.77 
 
 		 548 aa  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  30.77 
 
 		 513 aa  223  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  26.75 
 
 		 532 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  30.06 
 
 		 551 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  28.96 
 
 		 506 aa  213  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  28.84 
 
 		 540 aa  212  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  28.84 
 
 		 540 aa  212  1e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  29.81 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  29.81 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  29.61 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  29.61 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  29.61 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  29.61 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  29.68 
 
 		 504 aa  206  8e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  29.03 
 
 		 504 aa  205  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  28.81 
 
 		 505 aa  205  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  29.03 
 
 		 504 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  29.51 
 
 		 542 aa  204  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  28.99 
 
 		 526 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  28.78 
 
 		 505 aa  201  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  28.02 
 
 		 490 aa  200  5e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  30.36 
 
 		 577 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  28.93 
 
 		 516 aa  197  5.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  30.41 
 
 		 600 aa  196  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  28.57 
 
 		 606 aa  196  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  30.02 
 
 		 494 aa  194  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  29.17 
 
 		 545 aa  193  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  31.97 
 
 		 525 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  29.11 
 
 		 538 aa  191  2.9999999999999997e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  29.36 
 
 		 523 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  30.27 
 
 		 508 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  29.76 
 
 		 514 aa  191  2.9999999999999997e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  30.58 
 
 		 546 aa  190  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  28.72 
 
 		 659 aa  189  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  30.42 
 
 		 548 aa  189  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  30.42 
 
 		 548 aa  189  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  28.72 
 
 		 659 aa  189  8e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  27.08 
 
 		 681 aa  189  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  29.34 
 
 		 584 aa  188  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  28.73 
 
 		 520 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  28.73 
 
 		 520 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  28.82 
 
 		 542 aa  187  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  24.68 
 
 		 548 aa  187  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  27.93 
 
 		 657 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  27.16 
 
 		 681 aa  187  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  28.02 
 
 		 663 aa  187  5e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  29.55 
 
 		 541 aa  186  7e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  30.09 
 
 		 531 aa  186  9e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  30.26 
 
 		 550 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  30.55 
 
 		 558 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  28.1 
 
 		 516 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  30.64 
 
 		 525 aa  185  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  28.16 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  30.39 
 
 		 552 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  28.1 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5625  osmoprotectant transporter, BCCT family  28.41 
 
 		 522 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4319  choline/carnitine/betaine transporter  29.29 
 
 		 534 aa  184  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  27.89 
 
 		 516 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  27.89 
 
 		 516 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>