More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00041 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 
522 aa  1095  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  98.84 
 
 
517 aa  1068  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  98.65 
 
 
517 aa  1068  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.75 
 
 
517 aa  920  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.75 
 
 
517 aa  920  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  84.14 
 
 
517 aa  922  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.56 
 
 
517 aa  920  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  98.41 
 
 
505 aa  1036  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  100 
 
 
522 aa  1095  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  98.07 
 
 
517 aa  1060  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.75 
 
 
517 aa  919  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  99.04 
 
 
522 aa  1078  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  98.85 
 
 
522 aa  1077  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.09 
 
 
516 aa  590  1e-167  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.1 
 
 
517 aa  585  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.88 
 
 
517 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.84 
 
 
518 aa  557  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  46.34 
 
 
537 aa  522  1e-147  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 
525 aa  288  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 
520 aa  286  5e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 
519 aa  276  6e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 
534 aa  275  2e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.2 
 
 
534 aa  274  3e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.51 
 
 
512 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 
551 aa  263  5e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 
490 aa  262  1e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.62 
 
 
509 aa  262  1e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 
506 aa  259  6e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.63 
 
 
514 aa  259  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 
515 aa  258  2e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 
527 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 
528 aa  258  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 
512 aa  255  1e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 
521 aa  253  5e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 
662 aa  252  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.89 
 
 
510 aa  251  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 
521 aa  251  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 
520 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 
510 aa  249  6e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 
508 aa  249  9e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.16 
 
 
510 aa  249  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.55 
 
 
510 aa  248  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 
510 aa  248  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 
510 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 
510 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 
510 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 
510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.28 
 
 
510 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.28 
 
 
510 aa  245  1e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 
561 aa  245  2e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  33.12 
 
 
506 aa  243  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.45 
 
 
538 aa  243  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.21 
 
 
561 aa  243  6e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.21 
 
 
561 aa  242  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.6 
 
 
582 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.61 
 
 
563 aa  240  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 
495 aa  240  4e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 
561 aa  240  6e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 
563 aa  239  6e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 
561 aa  239  7e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 
551 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  1.91926e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 
498 aa  238  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 
518 aa  236  6e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
506 aa  236  9e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  32.08 
 
 
519 aa  235  1e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 
563 aa  235  2e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 
563 aa  235  2e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 
539 aa  235  2e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
506 aa  234  2e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 
582 aa  234  2e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.36 
 
 
545 aa  234  4e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  32.17 
 
 
524 aa  234  4e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
512 aa  233  6e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 
527 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 
544 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 
499 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 
518 aa  231  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.63 
 
 
526 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 
522 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 
583 aa  230  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.7 
 
 
513 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.67 
 
 
517 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.67 
 
 
517 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.67 
 
 
517 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 
520 aa  228  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 
507 aa  228  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  31.24 
 
 
500 aa  227  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
492 aa  228  3e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 
525 aa  228  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.83 
 
 
535 aa  227  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2154  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 
513 aa  226  6e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  30.7 
 
 
549 aa  226  7e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 
517 aa  226  8e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  30.51 
 
 
549 aa  226  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  30.81 
 
 
552 aa  226  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 
553 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  31.12 
 
 
504 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  29.46 
 
 
514 aa  224  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2450  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 
517 aa  224  3e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.459608 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2882  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 
514 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>