More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0069 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0069  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0043  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.399945  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0031  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000267735  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0383767  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0604  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  9.69852e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0865  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.13952e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5667  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.79492e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4773  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  6.65438e-06  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.527253  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5710  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  9.1391e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-4  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  7.68608e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5737  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.12746e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5807  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00231597  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5699  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  3.50684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0282  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0529  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.17979e-29 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0790  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3991e-32 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-6  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.255e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-4  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0182265  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5667  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5675  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  3.76256e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5678  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0306  tRNA-Met  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00436106  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-7  tRNA-Met  97.4 
 
 
80 bp  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0224  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  9.3753e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4566  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.36234e-08  normal  0.0841904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.119632  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0104  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.23497e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0081  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000214937  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5037  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.794581  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5049  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  2.36234e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0057  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.30751e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0046  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.50428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0121  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  9.52956e-07  decreased coverage  8.66797e-05 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0082  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000739583  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0097  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000407558  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.21998e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0021  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.790963 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0131  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.90991e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  5.63126e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  1.04946e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.1 
 
 
80 bp  129  1e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  1.74152e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0066  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0931764  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t017  tRNA-Met  96.05 
 
 
77 bp  127  4e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.31655e-06  unclonable  3.40211e-12 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  96.05 
 
 
77 bp  127  4e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0012  tRNA-Met  97.37 
 
 
76 bp  127  4e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  6.64581e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0034  tRNA-Met  97.18 
 
 
77 bp  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0131764 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  8.5866e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0025  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  3.22634e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5071  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  3.88022e-07 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00051  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0024  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.57655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.48395e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  3.39625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.72118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.97196e-09  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>