293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0052 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  97.26 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t083  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0059  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000542339  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0045  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000811404  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0047  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0049  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000951803  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0044  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000145436  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0046  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098167  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0048  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3135t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669917  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3129t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3131t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3134t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0039  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000292486  normal  0.532289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0040  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000315714  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0041  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000275058  normal  0.527619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0042  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000264574  normal  0.527619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0043  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000028364  normal  0.527619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0045  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000301516  normal  0.527619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3133t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3132t  tRNA-Arg  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0114  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.195511  hitchhiker  0.0000613432 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0052  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000305181  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0042  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.046483  hitchhiker  0.00783232 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0056  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000025331  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0109  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006448 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0050  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000319175  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0051  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000808669  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0112  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.456139  hitchhiker  0.0000639392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0113  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196307  hitchhiker  0.0000602904 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0049  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000321594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0039  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0446173  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0053  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000298412  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0107  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0115  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.125071  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0108  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0110  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.607577  hitchhiker  0.0000634029 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0043  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00811057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0041  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0453151  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0055  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000268811  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0040  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409626  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>