299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0051 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0097  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000131454  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t083  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0045  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000811404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0047  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0049  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000951803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0044  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000145436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0046  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0048  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0059  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000542339  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3129t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3132t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3131t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3133t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3134t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3135t  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669917  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0099  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0104  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000547181  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0098  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000015782  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0109  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000932697  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0110  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000105777  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t086  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0041  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0453151  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0056  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000025331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0107  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000203726  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0092  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00111673  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0091  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00116714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0108  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000272922  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0113  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000084866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0094  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000391203  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0093  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000449843  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0044  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000826054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0046  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000243564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0101  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000012367  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0043  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000142097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0045  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000160555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0095  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000145401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0043  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00811057 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0107  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0115  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000013002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0117  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000112266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0116  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000102508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0118  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000119067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0119  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000131096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0089  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00125706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>