More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2920 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  55.72 
 
 
618 aa  645    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
587 aa  1201    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  48.93 
 
 
544 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  39.55 
 
 
620 aa  392  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  39.69 
 
 
547 aa  390  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  39.96 
 
 
555 aa  365  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.13 
 
 
617 aa  256  9e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  35.05 
 
 
518 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.33 
 
 
534 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.61 
 
 
515 aa  229  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  32.49 
 
 
498 aa  228  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.95 
 
 
552 aa  225  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  32.86 
 
 
499 aa  226  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  33.94 
 
 
506 aa  224  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29.69 
 
 
638 aa  223  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  31.93 
 
 
580 aa  223  9e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.12 
 
 
534 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  36.62 
 
 
499 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  33.94 
 
 
507 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  27.35 
 
 
543 aa  218  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  31.21 
 
 
539 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.43 
 
 
530 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  30.4 
 
 
556 aa  213  5.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  31.48 
 
 
548 aa  209  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.82 
 
 
528 aa  209  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.15 
 
 
554 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  33.72 
 
 
498 aa  208  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  33.78 
 
 
442 aa  208  3e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.17 
 
 
447 aa  208  3e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.5 
 
 
532 aa  207  5e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  33.65 
 
 
544 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  28.45 
 
 
539 aa  202  9e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
487 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  28.94 
 
 
527 aa  200  7e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  29.69 
 
 
524 aa  199  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  29.25 
 
 
519 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  30.47 
 
 
550 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  30.5 
 
 
517 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  30.71 
 
 
448 aa  197  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  30.48 
 
 
733 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  35.7 
 
 
484 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.73 
 
 
553 aa  196  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.75 
 
 
517 aa  196  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.81 
 
 
517 aa  194  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  34.86 
 
 
501 aa  194  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.1 
 
 
572 aa  194  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29.98 
 
 
495 aa  192  2e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.14 
 
 
519 aa  190  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.6 
 
 
527 aa  189  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  29.36 
 
 
612 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.36 
 
 
612 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  33.41 
 
 
557 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  31.86 
 
 
528 aa  187  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  28.15 
 
 
514 aa  187  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  33.24 
 
 
511 aa  186  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 
529 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  31.59 
 
 
523 aa  185  2.0000000000000003e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  31.65 
 
 
524 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  31.08 
 
 
525 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  31.08 
 
 
525 aa  185  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  32.88 
 
 
595 aa  184  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  31.57 
 
 
573 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  28.25 
 
 
515 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  30.39 
 
 
479 aa  184  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  31.05 
 
 
529 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  31.57 
 
 
573 aa  184  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.54 
 
 
515 aa  183  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  31.15 
 
 
415 aa  183  7e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  30.88 
 
 
525 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  32.61 
 
 
511 aa  183  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  31.14 
 
 
479 aa  182  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  28.15 
 
 
515 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  27.94 
 
 
515 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  30.2 
 
 
564 aa  182  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  28 
 
 
495 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.54 
 
 
515 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  28.54 
 
 
515 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  28.15 
 
 
515 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  28.12 
 
 
519 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.75 
 
 
459 aa  180  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.75 
 
 
472 aa  180  8e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.75 
 
 
395 aa  179  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.2 
 
 
564 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  29.55 
 
 
403 aa  177  3e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  27.51 
 
 
403 aa  178  3e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  27.92 
 
 
498 aa  177  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  30.46 
 
 
504 aa  177  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  31.09 
 
 
504 aa  177  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  34.55 
 
 
512 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  27.42 
 
 
610 aa  176  8e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  36.14 
 
 
458 aa  176  9e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  33.07 
 
 
467 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  28.88 
 
 
485 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  34.05 
 
 
570 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  31.59 
 
 
531 aa  174  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  30.21 
 
 
474 aa  174  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.76 
 
 
530 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.76 
 
 
530 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  32.76 
 
 
552 aa  173  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.76 
 
 
553 aa  172  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>