More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2479 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 416 aa  840    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  50.77 
 
 		 431 aa  363  3e-99  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 		 413 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  30.27 
 
 		 396 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.98 
 
 		 605 aa  156  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  38.49 
 
 		 592 aa  156  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.82 
 
 		 590 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  28.89 
 
 		 427 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  28.57 
 
 		 428 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  39.33 
 
 		 601 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.51 
 
 		 583 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  29.68 
 
 		 441 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.1 
 
 		 583 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  37.19 
 
 		 590 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  38.91 
 
 		 582 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 		 584 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.6 
 
 		 584 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 		 584 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  35.68 
 
 		 584 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.78 
 
 		 596 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.6 
 
 		 590 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.25 
 
 		 883 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 		 585 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 		 585 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 		 585 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  29.3 
 
 		 403 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.9 
 
 		 581 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  29.3 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  29.3 
 
 		 427 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.85 
 
 		 766 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 		 585 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 		 379 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  28.86 
 
 		 424 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  28.99 
 
 		 427 aa  139  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 426 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.27 
 
 		 426 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 		 753 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 572 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  27.79 
 
 		 440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  34.82 
 
 		 426 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  27.51 
 
 		 446 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  35.71 
 
 		 423 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  34.41 
 
 		 474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 		 580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  34.41 
 
 		 482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  34.41 
 
 		 474 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 633 aa  133  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 786 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 590 aa  132  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 		 797 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 		 584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  33.73 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.18 
 
 		 437 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.77 
 
 		 475 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 428 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 		 599 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 428 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  29.27 
 
 		 428 aa  130  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  26.81 
 
 		 419 aa  130  6e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  29.31 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  29.31 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  29.31 
 
 		 428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  26 
 
 		 414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 		 780 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 		 773 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  30.13 
 
 		 263 aa  126  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.2 
 
 		 599 aa  126  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  28.28 
 
 		 411 aa  125  9e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.54 
 
 		 800 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  33.48 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  29.27 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  28.47 
 
 		 424 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  29.35 
 
 		 428 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.29 
 
 		 734 aa  122  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.07 
 
 		 409 aa  122  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  28.71 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 		 632 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 		 790 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  28.22 
 
 		 422 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.86 
 
 		 777 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  33.04 
 
 		 429 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 		 611 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 		 515 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 352 aa  120  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  28.29 
 
 		 429 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 		 464 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  32.17 
 
 		 515 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 		 464 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1771  diguanylate phosphodiesterase  35.02 
 
 		 763 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.718103  normal  0.459979 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  28.82 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  28.82 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  28.33 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>