More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2451 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 423 aa  853    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  52.27 
 
 		 412 aa  384  1e-105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  45.24 
 
 		 413 aa  333  3e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  43.17 
 
 		 415 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  40.53 
 
 		 431 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  41.38 
 
 		 487 aa  270  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  37.41 
 
 		 414 aa  250  3e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  32.46 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 428 aa  219  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  36.5 
 
 		 411 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 		 402 aa  218  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  32.45 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 		 411 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  33.17 
 
 		 409 aa  208  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  32.89 
 
 		 397 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  32.92 
 
 		 404 aa  207  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  40.45 
 
 		 413 aa  206  5e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  37.31 
 
 		 403 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  34.57 
 
 		 403 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  33.08 
 
 		 408 aa  205  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  33.81 
 
 		 417 aa  203  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 		 411 aa  202  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  34.66 
 
 		 400 aa  200  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 412 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 407 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 		 400 aa  196  8.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  29.93 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  33 
 
 		 411 aa  193  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  38.75 
 
 		 416 aa  194  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  33.5 
 
 		 412 aa  192  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  30.73 
 
 		 404 aa  192  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  31.21 
 
 		 408 aa  186  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 406 aa  186  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  30 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 		 423 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  31.06 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 		 410 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  31.8 
 
 		 405 aa  182  9.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  34 
 
 		 404 aa  182  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  30.94 
 
 		 400 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 422 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  30.02 
 
 		 419 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  30.88 
 
 		 406 aa  180  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  30.35 
 
 		 413 aa  179  8e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  28.78 
 
 		 406 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  30.9 
 
 		 424 aa  176  7e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 		 411 aa  176  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  28.78 
 
 		 413 aa  170  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  29.4 
 
 		 405 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  30.88 
 
 		 414 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 		 397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 		 406 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  27.45 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 		 408 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  30.81 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  29.91 
 
 		 410 aa  157  4e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  30.68 
 
 		 405 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  30.84 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 		 419 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  29.57 
 
 		 429 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  33.52 
 
 		 447 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  33.81 
 
 		 445 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  30.88 
 
 		 464 aa  143  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  33.71 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  27.68 
 
 		 431 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  27.68 
 
 		 431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  28.36 
 
 		 449 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  25 
 
 		 411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  34 
 
 		 444 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 		 458 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  30.35 
 
 		 450 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  29.76 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  28.05 
 
 		 448 aa  121  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  22.06 
 
 		 403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  27.6 
 
 		 463 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  27.87 
 
 		 444 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  24.94 
 
 		 397 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  27.6 
 
 		 480 aa  99.4  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  26.49 
 
 		 406 aa  98.6  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  29.75 
 
 		 402 aa  87.4  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  33.33 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  30.08 
 
 		 378 aa  83.2  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  27.42 
 
 		 439 aa  82.4  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  29.43 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  28.29 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  29.95 
 
 		 389 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  32.41 
 
 		 438 aa  75.5  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2227  diguanylate phosphodiesterase  32.83 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.118815  hitchhiker  0.00585618 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  29.76 
 
 		 242 aa  72.4  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  30.41 
 
 		 403 aa  72.4  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  22.43 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  22.43 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  27.05 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.23 
 
 		 836 aa  58.2  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 		 806 aa  58.2  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1320  diguanylate phosphodiesterase  35.92 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  28.92 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>