More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2436 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  78.62 
 
 		 308 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  68.18 
 
 		 309 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  61.79 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  55.48 
 
 		 307 aa  324  1e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 		 323 aa  311  7.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  44.1 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 249 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.63 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  47.27 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  41.94 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  44.54 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 371 aa  166  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.06 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  36.9 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  43.83 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  45.71 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  42.41 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  33.9 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  35.07 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  34.88 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 244 aa  157  3e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 		 291 aa  156  4e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  39.64 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  35.46 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 		 299 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  39.86 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.98 
 
 		 310 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  35.46 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.76 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.91 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.85 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  34.38 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  40.41 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  36.95 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 283 aa  153  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.82 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38.22 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  34.88 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  39.3 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  36.51 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0181  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  36.26 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>