More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1806 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
90 aa  184  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  76.67 
 
 
89 aa  141  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  70.11 
 
 
88 aa  133  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  72.41 
 
 
88 aa  131  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  64.37 
 
 
88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  67.07 
 
 
87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  62.5 
 
 
88 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  64.37 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  64.37 
 
 
86 aa  110  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  53.57 
 
 
160 aa  99.8  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  62.34 
 
 
88 aa  99.4  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  56.67 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  55.17 
 
 
88 aa  99.4  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  52.27 
 
 
87 aa  97.8  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  52.27 
 
 
89 aa  94.4  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  54.22 
 
 
160 aa  94.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
91 aa  92.8  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  51.16 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  56.98 
 
 
196 aa  92  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  51.14 
 
 
140 aa  92  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  56.98 
 
 
202 aa  91.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  54.65 
 
 
250 aa  91.3  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  54.65 
 
 
250 aa  91.3  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  54.32 
 
 
146 aa  90.9  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  51.69 
 
 
101 aa  90.9  5e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  56.96 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  49.43 
 
 
122 aa  89.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  56.96 
 
 
245 aa  89.4  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  53.16 
 
 
222 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
85 aa  88.6  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
81 aa  89  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
82 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
97 aa  89  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  47.73 
 
 
123 aa  88.6  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  50.6 
 
 
102 aa  88.2  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  51.65 
 
 
97 aa  88.2  4e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  51.16 
 
 
87 aa  87.8  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
92 aa  87.4  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
99 aa  87.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  50.6 
 
 
109 aa  87  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  53.75 
 
 
173 aa  87  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  46.59 
 
 
134 aa  87  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
124 aa  85.9  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  53.16 
 
 
222 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  52.56 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  51.28 
 
 
85 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  53.16 
 
 
217 aa  85.1  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  54.55 
 
 
203 aa  85.1  3e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
148 aa  85.1  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
150 aa  85.1  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
137 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
104 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  43.18 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  48.72 
 
 
155 aa  84.3  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  51.22 
 
 
103 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
156 aa  84.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  53.16 
 
 
103 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  55.13 
 
 
105 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
121 aa  84  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  55.26 
 
 
95 aa  83.6  7e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  49.37 
 
 
152 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  51.28 
 
 
151 aa  83.6  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  47.44 
 
 
152 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
121 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
152 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  48.24 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  51.81 
 
 
89 aa  83.2  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
147 aa  82  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  52.38 
 
 
95 aa  82  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  45.45 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  51.85 
 
 
107 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
90 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
116 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
149 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  53.95 
 
 
95 aa  81.6  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  44.83 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
103 aa  81.6  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
151 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
96 aa  81.6  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  44.83 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  48.28 
 
 
97 aa  80.9  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  44.94 
 
 
94 aa  80.9  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  51.81 
 
 
207 aa  80.9  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
98 aa  80.9  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
96 aa  80.5  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
122 aa  80.5  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  44.19 
 
 
90 aa  80.5  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0614  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
101 aa  80.5  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000129522  hitchhiker  0.00000043788 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  47.44 
 
 
149 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
111 aa  79.7  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
98 aa  79.7  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
155 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  45.88 
 
 
162 aa  79.7  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  50.59 
 
 
226 aa  79  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  47.06 
 
 
154 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  54.43 
 
 
94 aa  79.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>