More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1620 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
390 aa  775    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.63 
 
 
433 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  43.05 
 
 
357 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.51 
 
 
377 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.6 
 
 
338 aa  229  5e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.02 
 
 
334 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
306 aa  130  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.33 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.23 
 
 
509 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.07 
 
 
464 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  35.92 
 
 
422 aa  126  7e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.18 
 
 
423 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.22 
 
 
425 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.43 
 
 
458 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.64 
 
 
464 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.08 
 
 
481 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.72 
 
 
457 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.62 
 
 
462 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.06 
 
 
470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.77 
 
 
485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  38.46 
 
 
471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.39 
 
 
442 aa  119  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
492 aa  119  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.77 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.62 
 
 
470 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.19 
 
 
459 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 
414 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.52 
 
 
464 aa  116  7.999999999999999e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.29 
 
 
468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.86 
 
 
457 aa  113  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 
476 aa  113  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.04 
 
 
455 aa  112  9e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.7 
 
 
436 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.07 
 
 
457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.25 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.38 
 
 
445 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  34.78 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.25 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.11 
 
 
440 aa  111  2.0000000000000002e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.64 
 
 
469 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.66 
 
 
442 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.34 
 
 
469 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  40.95 
 
 
676 aa  110  5e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.57 
 
 
419 aa  110  5e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  28.46 
 
 
476 aa  110  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.46 
 
 
476 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  32.52 
 
 
332 aa  110  6e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.12 
 
 
480 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
460 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  28.46 
 
 
476 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
451 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.46 
 
 
476 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
460 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  28.46 
 
 
476 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  38.27 
 
 
431 aa  109  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.4 
 
 
476 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  34.38 
 
 
460 aa  108  1e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  28.46 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  37.63 
 
 
431 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
444 aa  109  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  28.46 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 
491 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.41 
 
 
464 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.41 
 
 
464 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.18 
 
 
472 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.31 
 
 
458 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  33.17 
 
 
436 aa  107  5e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  33.04 
 
 
470 aa  106  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.82 
 
 
524 aa  106  8e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.29 
 
 
412 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.74 
 
 
412 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.47 
 
 
417 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.21 
 
 
345 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.33 
 
 
468 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.38 
 
 
457 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  36.07 
 
 
682 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
328 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37.56 
 
 
445 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.06 
 
 
241 aa  103  5e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.66 
 
 
426 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  31.68 
 
 
431 aa  103  5e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  33.65 
 
 
421 aa  103  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  39.39 
 
 
445 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.59 
 
 
486 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
430 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  37.88 
 
 
323 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  34.34 
 
 
454 aa  101  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
325 aa  101  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  33.65 
 
 
427 aa  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.34 
 
 
442 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.41 
 
 
455 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.17 
 
 
443 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.21 
 
 
446 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.65 
 
 
451 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
521 aa  99.8  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.79 
 
 
456 aa  99.8  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.99 
 
 
431 aa  99.8  8e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.11 
 
 
439 aa  99.4  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>