More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1549 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  100 
 
 
356 aa  726    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  76.65 
 
 
474 aa  520  1e-146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  82.14 
 
 
360 aa  513  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  71.29 
 
 
433 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  70.82 
 
 
350 aa  426  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.74 
 
 
356 aa  374  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  50.66 
 
 
326 aa  309  5e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  52.54 
 
 
321 aa  291  2e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.45 
 
 
389 aa  268  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  51.42 
 
 
357 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.35 
 
 
322 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.35 
 
 
322 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  50 
 
 
322 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.77 
 
 
307 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
306 aa  229  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
307 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.16 
 
 
307 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.51 
 
 
307 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.28 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  43.86 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  43.42 
 
 
279 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
299 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
299 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  44.48 
 
 
308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 
299 aa  216  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  42.32 
 
 
300 aa  215  9e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.26 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  41.26 
 
 
300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  43.24 
 
 
295 aa  213  4.9999999999999996e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.26 
 
 
300 aa  213  5.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.35 
 
 
340 aa  212  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  41.43 
 
 
299 aa  212  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
299 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
299 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  41.94 
 
 
299 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  41.34 
 
 
300 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  41.94 
 
 
299 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.67 
 
 
302 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  43.87 
 
 
284 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  40.66 
 
 
285 aa  209  7e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
302 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.01 
 
 
299 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  42.28 
 
 
298 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  41.07 
 
 
299 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.28 
 
 
303 aa  206  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.01 
 
 
292 aa  206  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  41.72 
 
 
296 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.42 
 
 
290 aa  205  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  41.38 
 
 
296 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  41.82 
 
 
303 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  41.26 
 
 
301 aa  203  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  39.32 
 
 
298 aa  203  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
283 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  39.35 
 
 
285 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.21 
 
 
280 aa  202  6e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  41.82 
 
 
303 aa  202  7e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  41.2 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  41.11 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.75 
 
 
280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  41.28 
 
 
303 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  39.22 
 
 
285 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  38.87 
 
 
285 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  39.93 
 
 
286 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  38.87 
 
 
285 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.72 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  39.79 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  39.42 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
296 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  38.77 
 
 
285 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  39.5 
 
 
297 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  39.5 
 
 
297 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  39.5 
 
 
297 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.78 
 
 
286 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  40.89 
 
 
283 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.78 
 
 
286 aa  194  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  39.1 
 
 
280 aa  193  5e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  40.36 
 
 
288 aa  192  6e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  39.65 
 
 
303 aa  192  7e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.36 
 
 
282 aa  192  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  40.64 
 
 
299 aa  192  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
288 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  38.46 
 
 
285 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  39.07 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  41.28 
 
 
281 aa  189  5e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.14 
 
 
291 aa  188  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  36.65 
 
 
285 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  39.79 
 
 
287 aa  187  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  39.45 
 
 
341 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>