92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1488 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  100 
 
 
87 aa  175  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  85.57 
 
 
97 aa  159  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  70.65 
 
 
95 aa  123  7e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  59.78 
 
 
100 aa  114  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0606  addiction module antidote protein  60.87 
 
 
96 aa  112  2e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  63.89 
 
 
101 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.278814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 
100 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  56.84 
 
 
100 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  61.97 
 
 
96 aa  94.7  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1305  transcriptional regulator  60.27 
 
 
98 aa  92  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.148881  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  45.65 
 
 
102 aa  88.6  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  54.79 
 
 
102 aa  87  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 
96 aa  84  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  3.68951e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  50.68 
 
 
99 aa  80.9  6e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0829  hypothetical protein  47.3 
 
 
98 aa  80.1  8e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00761962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0856  putative transcriptional regulator  45.95 
 
 
98 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.623315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3989  hypothetical protein  42.11 
 
 
95 aa  75.9  2e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  44.74 
 
 
96 aa  72.8  1e-12  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  45.36 
 
 
97 aa  72  2e-12  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  48.53 
 
 
92 aa  72.4  2e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6313  addiction module antidote protein  46.67 
 
 
97 aa  71.6  3e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0276744  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  43.62 
 
 
97 aa  72  3e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.36023e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  50 
 
 
98 aa  71.2  4e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  44.57 
 
 
98 aa  70.9  5e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  44.57 
 
 
108 aa  70.5  7e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  43.66 
 
 
99 aa  69.7  1e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  47.44 
 
 
106 aa  70.1  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  43.62 
 
 
97 aa  69.7  1e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  45.26 
 
 
98 aa  70.1  1e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  5.0533e-05 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  44.74 
 
 
131 aa  69.3  2e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  37.5 
 
 
118 aa  68.6  2e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 
94 aa  69.3  2e-11  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  45 
 
 
102 aa  68.9  2e-11  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  45.45 
 
 
99 aa  68.9  2e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  37.5 
 
 
118 aa  68.6  2e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1271  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 
116 aa  68.6  3e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.666543 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  43.42 
 
 
104 aa  67.4  7e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  38.04 
 
 
95 aa  65.9  2e-10  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  47.37 
 
 
117 aa  65.9  2e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  40.66 
 
 
95 aa  65.9  2e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1241  hypothetical protein  35.87 
 
 
116 aa  65.5  2e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0372101  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  44.93 
 
 
99 aa  65.1  3e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  45.33 
 
 
95 aa  65.5  3e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  43.42 
 
 
104 aa  64.7  4e-10  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  45.33 
 
 
99 aa  64.7  4e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  46.05 
 
 
99 aa  64.3  5e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 
121 aa  64.3  5e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 
121 aa  64.3  5e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  46.05 
 
 
99 aa  64.3  6e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  44.74 
 
 
286 aa  63.2  1e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  44 
 
 
99 aa  63.2  1e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  44 
 
 
99 aa  63.2  1e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  44 
 
 
99 aa  63.2  1e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  44 
 
 
99 aa  63.2  1e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 
99 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 
99 aa  61.6  4e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  39.73 
 
 
99 aa  60.5  7e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 
97 aa  59.7  1e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  44.74 
 
 
97 aa  59.3  1e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  44 
 
 
100 aa  59.3  2e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  35.87 
 
 
98 aa  59.3  2e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1983  putative transcriptional regulator  37.08 
 
 
94 aa  59.3  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5375  hypothetical protein  42.67 
 
 
114 aa  58.5  3e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00339875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3926  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 
105 aa  58.2  4e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.511666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  38.67 
 
 
305 aa  58.2  4e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  38.96 
 
 
101 aa  57.4  6e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1150  hypothetical protein  35.87 
 
 
133 aa  57.4  7e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  39.56 
 
 
93 aa  55.5  2e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 
156 aa  55.1  3e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  40.79 
 
 
103 aa  55.1  3e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  35.14 
 
 
95 aa  54.7  4e-07  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1426  addiction module antidote protein  35.29 
 
 
92 aa  53.5  8e-07  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00137891  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  37.18 
 
 
101 aa  53.5  8e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1201  addiction module antidote protein  35.29 
 
 
92 aa  53.5  8e-07  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  2.59095e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  51.06 
 
 
275 aa  53.5  1e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  1.63993e-09  unclonable  1.64707e-07 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  38.64 
 
 
107 aa  52  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3744  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 
94 aa  52  3e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255899  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
98 aa  50.8  6e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 
107 aa  49.7  1e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  33.33 
 
 
98 aa  50.1  1e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
98 aa  50.1  1e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  37.33 
 
 
103 aa  48.9  3e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0017  hypothetical protein  38.57 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.447593  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 
95 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  33.87 
 
 
99 aa  45.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 
97 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3002  addiction module antidote protein  37.5 
 
 
112 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 
92 aa  44.3  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 
104 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2079  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 
100 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  36.36 
 
 
100 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>