More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1166 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  55.18 
 
 		 1161 aa  1186    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  47.91 
 
 		 1067 aa  986    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1152 aa  2330    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  42.97 
 
 		 1173 aa  816    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  27.7 
 
 		 1102 aa  175  5e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 1052 aa  169  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1112 aa  164  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  24.01 
 
 		 1073 aa  154  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  26.56 
 
 		 913 aa  154  1e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  26.48 
 
 		 1060 aa  150  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  24.49 
 
 		 1054 aa  139  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  26.93 
 
 		 1120 aa  135  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  23.26 
 
 		 923 aa  121  7e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  22.25 
 
 		 1036 aa  121  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  25.5 
 
 		 915 aa  120  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  26.48 
 
 		 1124 aa  120  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.62 
 
 		 860 aa  115  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  25.93 
 
 		 939 aa  115  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 1147 aa  112  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.11 
 
 		 1156 aa  108  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.98 
 
 		 1119 aa  104  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  25.84 
 
 		 1123 aa  101  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 1121 aa  101  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.64 
 
 		 1157 aa  100  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.44 
 
 		 1180 aa  98.6  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 1187 aa  98.2  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24.35 
 
 		 1180 aa  98.2  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  27.77 
 
 		 1106 aa  98.2  9e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.18 
 
 		 1240 aa  96.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.95 
 
 		 1241 aa  96.3  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.18 
 
 		 1241 aa  95.9  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.06 
 
 		 1241 aa  95.9  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.18 
 
 		 1241 aa  95.9  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.84 
 
 		 1241 aa  95.5  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 1054 aa  95.5  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 1240 aa  95.5  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  25.81 
 
 		 903 aa  95.1  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  25.75 
 
 		 1217 aa  95.1  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  25.75 
 
 		 1217 aa  95.1  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  20.44 
 
 		 1121 aa  95.1  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.95 
 
 		 1241 aa  94.7  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.84 
 
 		 1241 aa  94.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  22.01 
 
 		 995 aa  94.4  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  25.52 
 
 		 1120 aa  94.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.88 
 
 		 1203 aa  94.4  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.82 
 
 		 1218 aa  93.2  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  28.02 
 
 		 1142 aa  93.6  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.3 
 
 		 785 aa  93.2  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  22.75 
 
 		 1242 aa  92.8  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  22.95 
 
 		 1241 aa  92.4  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.84 
 
 		 1241 aa  92  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.59 
 
 		 1251 aa  91.7  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3206  UvrD/REP helicase  28.77 
 
 		 1290 aa  91.7  8e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.98 
 
 		 1230 aa  90.9  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  22.55 
 
 		 1282 aa  90.5  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.65 
 
 		 1106 aa  90.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1184 aa  90.5  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  27.2 
 
 		 1177 aa  89.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  24.09 
 
 		 1244 aa  89.7  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.95 
 
 		 747 aa  89.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  21.26 
 
 		 854 aa  89.4  4e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.72 
 
 		 741 aa  89  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 		 1165 aa  88.2  7e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.6 
 
 		 753 aa  87  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.6 
 
 		 753 aa  86.3  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  26.08 
 
 		 1180 aa  85.9  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.48 
 
 		 1273 aa  85.5  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 747 aa  85.5  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 747 aa  85.5  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.72 
 
 		 1125 aa  85.9  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.96 
 
 		 1273 aa  85.1  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 751 aa  85.5  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  24.54 
 
 		 753 aa  85.1  0.000000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 751 aa  85.1  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  24.54 
 
 		 751 aa  85.1  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.54 
 
 		 751 aa  85.1  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.51 
 
 		 1273 aa  84.7  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  24.51 
 
 		 1273 aa  84.7  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.47 
 
 		 725 aa  85.1  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.6 
 
 		 1242 aa  84.7  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  24.36 
 
 		 1089 aa  84.3  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  28.12 
 
 		 933 aa  84  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  27.98 
 
 		 1109 aa  84  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  24.57 
 
 		 1173 aa  83.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  22.44 
 
 		 1110 aa  83.6  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.14 
 
 		 1269 aa  83.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  22.55 
 
 		 1110 aa  84  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  27.92 
 
 		 921 aa  83.2  0.00000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.77 
 
 		 1244 aa  83.2  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.39 
 
 		 1273 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  27.92 
 
 		 921 aa  82.8  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 846 aa  82.4  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 1064 aa  82  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 786 aa  82  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 787 aa  82  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 787 aa  82  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0008  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 		 723 aa  81.6  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.680024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.81 
 
 		 787 aa  81.3  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.99 
 
 		 1061 aa  81.3  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 		 672 aa  80.9  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>