202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0963 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
120 aa  238  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  60.34 
 
 
128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.75 
 
 
124 aa  104  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.54 
 
 
113 aa  98.6  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  43.9 
 
 
127 aa  97.8  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  95.9  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.54 
 
 
121 aa  91.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  86.3  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.64 
 
 
128 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  84  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  37.96 
 
 
110 aa  82  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  80.9  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
116 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
110 aa  78.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
115 aa  78.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
109 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
109 aa  78.2  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  40.18 
 
 
109 aa  78.2  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.29 
 
 
115 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
109 aa  77.4  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
114 aa  77  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
114 aa  76.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  36.61 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
117 aa  75.5  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.64 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.82 
 
 
138 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
114 aa  73.6  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
110 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  35.71 
 
 
113 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.93 
 
 
123 aa  73.2  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.72 
 
 
112 aa  73.6  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.36 
 
 
121 aa  72.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
115 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.82 
 
 
115 aa  72  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.29 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  36.52 
 
 
112 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.06 
 
 
117 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  38.39 
 
 
110 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.21 
 
 
114 aa  72  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  72  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.84 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.52 
 
 
117 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
119 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  33.04 
 
 
115 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.07 
 
 
115 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  33.65 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.51 
 
 
118 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.3 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  34.58 
 
 
114 aa  68.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.25 
 
 
112 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  37.72 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.59 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>