More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0929 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 
224 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  85.78 
 
 
218 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  80.37 
 
 
219 aa  368  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  75.58 
 
 
222 aa  345  3e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  65 
 
 
220 aa  306  1.0000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  62.21 
 
 
218 aa  294  8e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  55.5 
 
 
225 aa  268  5e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  56.02 
 
 
276 aa  266  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  58.77 
 
 
286 aa  261  4.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  54.25 
 
 
253 aa  256  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  57.87 
 
 
254 aa  252  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  57.97 
 
 
244 aa  246  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  57.49 
 
 
282 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  56.8 
 
 
273 aa  241  5e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  51.39 
 
 
352 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 
218 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  51.42 
 
 
217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  52.61 
 
 
307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 
284 aa  230  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 
217 aa  229  2e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  50.45 
 
 
292 aa  229  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  54.38 
 
 
268 aa  229  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 
284 aa  229  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  50.93 
 
 
326 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  55.45 
 
 
290 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.95 
 
 
290 aa  228  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.25 
 
 
290 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.25 
 
 
290 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.25 
 
 
290 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.25 
 
 
290 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.45 
 
 
290 aa  228  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  50.44 
 
 
226 aa  228  8e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 
217 aa  228  8e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  51.74 
 
 
237 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1648  hydrogenase accessory protein HypB  53.12 
 
 
223 aa  226  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  51.15 
 
 
300 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.77 
 
 
290 aa  224  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  48.82 
 
 
292 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  53.14 
 
 
301 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  52.58 
 
 
407 aa  222  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  51.21 
 
 
269 aa  222  4e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  52.22 
 
 
288 aa  221  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.2 
 
 
303 aa  221  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  48.44 
 
 
294 aa  221  8e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  50.46 
 
 
277 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  48.85 
 
 
225 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  46.7 
 
 
284 aa  220  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  48.56 
 
 
279 aa  219  1.9999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  52.53 
 
 
308 aa  219  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  49.78 
 
 
268 aa  219  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  46.51 
 
 
250 aa  218  3.9999999999999997e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 
312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  49.29 
 
 
275 aa  218  5e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0298  hydrogenase accessory protein HypB  50.91 
 
 
222 aa  218  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  52.66 
 
 
322 aa  218  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 
267 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 
266 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  47.47 
 
 
321 aa  217  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 
268 aa  217  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 
257 aa  217  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 
305 aa  217  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  47.34 
 
 
281 aa  216  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.69 
 
 
287 aa  216  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  47.39 
 
 
267 aa  214  5.9999999999999996e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  48.61 
 
 
283 aa  214  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  51.94 
 
 
394 aa  214  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  50.47 
 
 
279 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 
293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 
319 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  50.75 
 
 
267 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2829  hydrogenase accessory protein HypB  46.51 
 
 
216 aa  211  1e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.14 
 
 
264 aa  210  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  50.47 
 
 
306 aa  210  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  47.12 
 
 
278 aa  209  2e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  45.45 
 
 
303 aa  209  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  44.73 
 
 
323 aa  209  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 
318 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3363  hydrogenase accessory protein HypB  45.93 
 
 
220 aa  209  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  49.04 
 
 
268 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 
315 aa  209  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  50.25 
 
 
261 aa  207  8e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  50.25 
 
 
261 aa  207  8e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  49.75 
 
 
263 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 
234 aa  206  2e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  45.54 
 
 
224 aa  206  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  47.22 
 
 
296 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  47.34 
 
 
270 aa  206  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.95 
 
 
252 aa  205  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  49.5 
 
 
303 aa  205  5e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1933  hydrogenase nickel incorporation protein  45.37 
 
 
223 aa  204  6e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.125072  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  47.32 
 
 
283 aa  204  6e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  45.02 
 
 
328 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1563  hydrogenase accessory protein HypB  43.87 
 
 
224 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0444465  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  46.98 
 
 
269 aa  204  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>