More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0516 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
336 aa  675  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  48.07 
 
 
342 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  40.06 
 
 
352 aa  249  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  41.69 
 
 
347 aa  242  7e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  45.15 
 
 
337 aa  240  3e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  36.75 
 
 
345 aa  189  8e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.12 
 
 
357 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  34.53 
 
 
344 aa  177  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  2.74029e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  33.83 
 
 
344 aa  175  1e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.26725e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  34.72 
 
 
344 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  31.92 
 
 
350 aa  150  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  36.36 
 
 
333 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  35.08 
 
 
332 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  33.22 
 
 
338 aa  142  1e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  33.94 
 
 
330 aa  140  4e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  34.98 
 
 
344 aa  139  5e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  35.37 
 
 
330 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  29.64 
 
 
309 aa  132  7e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  32.69 
 
 
346 aa  131  1e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  32.69 
 
 
317 aa  132  1e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  31.73 
 
 
339 aa  127  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  1.41849e-06 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  34.83 
 
 
324 aa  127  4e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  36.15 
 
 
386 aa  126  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  27.83 
 
 
381 aa  125  7e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.31252e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  35.46 
 
 
313 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  30.38 
 
 
308 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  32.42 
 
 
337 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 
351 aa  121  2e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.72 
 
 
363 aa  121  2e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.93 
 
 
315 aa  121  2e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  29.86 
 
 
328 aa  121  2e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.09 
 
 
351 aa  119  5e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  28.85 
 
 
345 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  28.77 
 
 
336 aa  119  8e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.03 
 
 
341 aa  118  1e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.27 
 
 
350 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  26.58 
 
 
335 aa  116  6e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  28.06 
 
 
353 aa  116  7e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  3.24218e-10 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 
350 aa  115  1e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 
350 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 
350 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 
350 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  29.56 
 
 
316 aa  114  2e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 
369 aa  114  2e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  28.12 
 
 
366 aa  113  4e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  33.05 
 
 
327 aa  111  1e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  33.57 
 
 
325 aa  112  1e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  24.84 
 
 
342 aa  112  1e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.94 
 
 
348 aa  111  2e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  28.04 
 
 
351 aa  110  2e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 
351 aa  110  2e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  28.04 
 
 
351 aa  110  2e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  28.04 
 
 
351 aa  110  2e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.64 
 
 
348 aa  111  2e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  28.39 
 
 
355 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 
351 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  33.94 
 
 
320 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 
351 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 
351 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.69 
 
 
349 aa  109  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.71 
 
 
345 aa  110  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  30.58 
 
 
336 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 
351 aa  110  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.7 
 
 
351 aa  109  8e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  29.35 
 
 
374 aa  109  8e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  29.01 
 
 
374 aa  108  9e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  29.01 
 
 
374 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.93 
 
 
343 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  29.9 
 
 
336 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  28.04 
 
 
339 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  34.88 
 
 
362 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  28.15 
 
 
344 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  31.49 
 
 
332 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  30.04 
 
 
348 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  30.43 
 
 
336 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  32.87 
 
 
326 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  27.65 
 
 
360 aa  107  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.6 
 
 
343 aa  106  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 
348 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 
348 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 
348 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 
348 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.85 
 
 
349 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 
347 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  32.22 
 
 
264 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  31.54 
 
 
359 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  31.54 
 
 
345 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  31.2 
 
 
343 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.54 
 
 
331 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  3.84441e-06 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.79 
 
 
331 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.9 
 
 
337 aa  103  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.87 
 
 
337 aa  103  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.52 
 
 
350 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.4 
 
 
367 aa  102  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  35.46 
 
 
300 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  30.19 
 
 
335 aa  101  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.86 
 
 
336 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.07 
 
 
350 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.12 
 
 
353 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  34.32 
 
 
365 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>