205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0506 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
148 aa  291  3e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.68 
 
 
140 aa  100  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  31.54 
 
 
135 aa  63.2  1e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  30.34 
 
 
136 aa  60.5  8e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
219 aa  58.2  4e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
183 aa  56.6  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.81 
 
 
207 aa  56.2  2e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
135 aa  55.5  2e-07  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
132 aa  55.1  3e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.58 
 
 
140 aa  55.1  3e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
145 aa  55.5  3e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  30.3 
 
 
145 aa  55.5  3e-07  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2402  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.19 
 
 
134 aa  54.7  4e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.705571  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
135 aa  54.3  5e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  31.71 
 
 
148 aa  54.3  5e-07  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
134 aa  54.3  6e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2860  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
226 aa  53.1  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070189  hitchhiker  0.000343254 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  28.57 
 
 
135 aa  53.1  1e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
226 aa  53.1  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
131 aa  52.8  2e-06  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  37.84 
 
 
146 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
142 aa  52.4  2e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  33.81 
 
 
142 aa  52.4  2e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.17 
 
 
134 aa  52  3e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  26.67 
 
 
135 aa  52  3e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.77 
 
 
134 aa  52  3e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.7 
 
 
134 aa  51.2  4e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.38 
 
 
154 aa  51.6  4e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
140 aa  51.2  5e-06  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  36.49 
 
 
146 aa  51.2  5e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
140 aa  51.2  5e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
140 aa  50.1  9e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05242  biopolymer transport protein  27.12 
 
 
137 aa  50.4  9e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.58 
 
 
136 aa  50.1  1e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
144 aa  50.1  1e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.44 
 
 
174 aa  49.7  1e-05  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
134 aa  49.7  1e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.35 
 
 
142 aa  49.7  1e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  28.57 
 
 
143 aa  49.3  2e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
143 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.71 
 
 
134 aa  48.9  3e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
137 aa  48.9  3e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
142 aa  48.1  3e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0146  protein TolR  26.56 
 
 
150 aa  48.5  3e-05  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.85 
 
 
136 aa  48.1  4e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
137 aa  47.8  5e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
151 aa  47.8  5e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
141 aa  47.8  5e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
134 aa  47.8  6e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
147 aa  47.8  6e-05  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  28.38 
 
 
154 aa  47.4  7e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
143 aa  47  8e-05  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
156 aa  47.4  8e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  32.48 
 
 
143 aa  47  8e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  27.05 
 
 
138 aa  47  9e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 
133 aa  47  9e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.26 
 
 
140 aa  47  9e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  27.03 
 
 
152 aa  47  9e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  4.17761e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
134 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2106  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
135 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  25.38 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  27.78 
 
 
147 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.91 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1753  TonB system transport protein ExbD1  35.48 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00438106  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.74 
 
 
141 aa  46.2  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
134 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  36.36 
 
 
174 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  39.44 
 
 
179 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.09 
 
 
156 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.69 
 
 
134 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  26.02 
 
 
152 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.56 
 
 
141 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.53 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.81 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  29.85 
 
 
143 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001353  biopolymer transport protein ExbD1  24.58 
 
 
137 aa  45.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000434471  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
250 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.09 
 
 
156 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.87 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3132  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.37 
 
 
173 aa  45.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
174 aa  45.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 
134 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  29.32 
 
 
135 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.26 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 
143 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.03 
 
 
140 aa  44.3  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 
136 aa  44.7  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00516772  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
136 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
133 aa  44.7  0.0005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.68 
 
 
166 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>