147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0487 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 438 aa  900    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  46.59 
 
 		 461 aa  378  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  36.68 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  35.24 
 
 		 422 aa  256  7e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  37.7 
 
 		 431 aa  243  5e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  36.36 
 
 		 422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  36.49 
 
 		 436 aa  233  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  36.77 
 
 		 464 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  56.78 
 
 		 415 aa  226  4e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  35.9 
 
 		 429 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  33.71 
 
 		 428 aa  223  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  36.22 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  33.89 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  35.24 
 
 		 453 aa  216  5.9999999999999996e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  32.58 
 
 		 437 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  34.8 
 
 		 425 aa  204  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.96 
 
 		 456 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  42.91 
 
 		 267 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  32.68 
 
 		 458 aa  192  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  33.9 
 
 		 487 aa  192  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.73 
 
 		 456 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  33.11 
 
 		 416 aa  188  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  33.26 
 
 		 462 aa  189  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  31.28 
 
 		 448 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 453 aa  187  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  30.94 
 
 		 432 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.08 
 
 		 443 aa  178  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  30.23 
 
 		 446 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.09 
 
 		 427 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  28.54 
 
 		 441 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  31.32 
 
 		 477 aa  168  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  28.12 
 
 		 474 aa  157  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  29.04 
 
 		 451 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  29.24 
 
 		 447 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  28.39 
 
 		 474 aa  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 413 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.9 
 
 		 441 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.52 
 
 		 445 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.57 
 
 		 462 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  27.66 
 
 		 463 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  26.97 
 
 		 458 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 		 429 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  30.61 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  24.54 
 
 		 462 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 395 aa  114  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  31.43 
 
 		 429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  25.94 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  30.48 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.6 
 
 		 442 aa  104  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  27.31 
 
 		 448 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.73 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  27.27 
 
 		 354 aa  93.2  9e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.86 
 
 		 473 aa  89.7  9e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.3 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  26.23 
 
 		 439 aa  87  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  27.74 
 
 		 426 aa  86.7  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 		 429 aa  86.7  8e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 		 426 aa  86.3  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 		 438 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  27.54 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 388 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.69 
 
 		 456 aa  79  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  32.94 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.63 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  26.89 
 
 		 409 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.7 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  26.18 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.64 
 
 		 424 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.11 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.85 
 
 		 477 aa  66.6  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  23.57 
 
 		 285 aa  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.93 
 
 		 520 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.06 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  24.41 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 		 420 aa  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.5 
 
 		 413 aa  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  22.85 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  27 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.74 
 
 		 453 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.49 
 
 		 393 aa  61.6  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.4 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  28.96 
 
 		 616 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.84 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.65 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  29.41 
 
 		 528 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.35 
 
 		 532 aa  60.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.21 
 
 		 417 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  29.12 
 
 		 556 aa  60.1  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  23.9 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  20.79 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.57 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  26.63 
 
 		 1285 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  29.55 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  21.68 
 
 		 460 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 557 aa  57  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>