More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0461 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 364 aa  753    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  85.4 
 
 		 367 aa  644    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.11 
 
 		 386 aa  569  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  76.7 
 
 		 358 aa  551  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  56.1 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  55 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.09 
 
 		 343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.69 
 
 		 351 aa  311  7.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.4 
 
 		 351 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.56 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.25 
 
 		 346 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 347 aa  302  7.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.97 
 
 		 360 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  41.8 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.51 
 
 		 371 aa  297  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.97 
 
 		 356 aa  294  1e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  47.16 
 
 		 364 aa  293  4e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  45.22 
 
 		 359 aa  292  7e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 		 373 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.97 
 
 		 373 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.9 
 
 		 354 aa  288  1e-76  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.2 
 
 		 356 aa  286  2.9999999999999996e-76  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.49 
 
 		 356 aa  286  4e-76  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  285  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 384 aa  285  8e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  285  9e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  44.82 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.89 
 
 		 371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 		 384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  43.39 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  46.84 
 
 		 372 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 		 373 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.1 
 
 		 373 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 		 373 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  48.41 
 
 		 377 aa  282  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.39 
 
 		 373 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.82 
 
 		 373 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  45.43 
 
 		 391 aa  283  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.74 
 
 		 384 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  46.84 
 
 		 372 aa  282  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1657  radical SAM enzyme, Cfr family  41.99 
 
 		 401 aa  282  8.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33058  normal  0.466299 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  44.54 
 
 		 392 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  44.54 
 
 		 392 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  47.13 
 
 		 372 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.13 
 
 		 372 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  42.42 
 
 		 403 aa  280  2e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.21 
 
 		 375 aa  279  6e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.46 
 
 		 383 aa  279  6e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.46 
 
 		 388 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.46 
 
 		 388 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.46 
 
 		 388 aa  279  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.46 
 
 		 388 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.46 
 
 		 388 aa  278  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  44 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  43.68 
 
 		 375 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.9 
 
 		 393 aa  278  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  42.74 
 
 		 382 aa  277  2e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.86 
 
 		 373 aa  277  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 		 388 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.62 
 
 		 392 aa  278  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  43.06 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0458  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.9 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.85 
 
 		 381 aa  276  3e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  44.32 
 
 		 376 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  43.65 
 
 		 402 aa  276  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1660  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.88 
 
 		 389 aa  276  4e-73  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  42.05 
 
 		 349 aa  276  5e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.8 
 
 		 358 aa  275  6e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  43.95 
 
 		 378 aa  275  6e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  42.46 
 
 		 382 aa  275  8e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1716  radical SAM protein  42.54 
 
 		 401 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.973881  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.86 
 
 		 375 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  43.59 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  44.48 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01053  radical SAM enzyme, Cfr family  41.44 
 
 		 393 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06113  radical SAM enzyme, Cfr family  41.44 
 
 		 393 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.245547  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1780  hypothetical protein  42.54 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  42.37 
 
 		 364 aa  273  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  44.28 
 
 		 377 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  44.77 
 
 		 360 aa  272  7e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  43.79 
 
 		 356 aa  272  7e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  41.5 
 
 		 357 aa  272  8.000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  41.74 
 
 		 342 aa  272  8.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  43.19 
 
 		 369 aa  272  8.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.41 
 
 		 398 aa  272  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.41 
 
 		 398 aa  272  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>