More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0028 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2839  aspartyl-tRNA synthetase  70.75 
 
 
598 aa  870  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0028  aspartyl-tRNA synthetase  100 
 
 
610 aa  1261  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.607813  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0787  aspartyl-tRNA synthetase  54.03 
 
 
605 aa  639  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.574625  normal  0.685476 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2752  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
600 aa  651  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2226  aspartyl-tRNA synthetase  54.65 
 
 
617 aa  635  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.544329  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0010  aspartyl-tRNA synthetase  77.48 
 
 
627 aa  993  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.000218304  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3586  aspartyl-tRNA synthetase  57.8 
 
 
592 aa  689  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.9189e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1070  aspartyl-tRNA synthetase  55 
 
 
599 aa  640  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.17773 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2326  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
600 aa  651  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1331  aspartyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 
595 aa  664  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.175841  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0381  aspartyl-tRNA synthetase  53.85 
 
 
599 aa  638  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26589  normal  0.586164 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0675  aspartyl-tRNA synthetase  54.61 
 
 
600 aa  648  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0691  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
600 aa  651  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.832914  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1946  aspartyl-tRNA synthetase  52.49 
 
 
593 aa  637  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.734363  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12140  Aspartyl-tRNA synthetase  54.79 
 
 
590 aa  674  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.46901e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2113  aspartyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 
600 aa  640  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.19758  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1322  aspartyl-tRNA synthetase  58.7 
 
 
593 aa  717  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34967e-29 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2665  aspartyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 
592 aa  645  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72931  hitchhiker  3.66729e-06 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0812  aspartyl-tRNA synthetase  55.48 
 
 
586 aa  681  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.70105e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2776  aspartyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
600 aa  642  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233707  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0356  aspartyl-tRNA synthetase  53.29 
 
 
623 aa  635  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2506  aspartyl-tRNA synthetase  56.57 
 
 
594 aa  678  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  2.73748e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2725  aspartyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 
600 aa  640  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0872752  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3302  aspartyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
613 aa  766  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.69725 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0942  aspartyl-tRNA synthetase  54.71 
 
 
607 aa  659  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0078454  hitchhiker  0.00866297 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0593  aspartyl-tRNA synthetase  53.6 
 
 
594 aa  656  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00934088  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2329  aspartyl-tRNA synthetase  59.01 
 
 
594 aa  733  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.45437e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4482  aspartyl-tRNA synthetase  54.79 
 
 
591 aa  670  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31618e-21 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2406  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
600 aa  651  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0714  aspartyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
591 aa  670  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.43649e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0341  aspartyl-tRNA synthetase  53.46 
 
 
623 aa  637  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0656  aspartyl-tRNA synthetase  55.72 
 
 
599 aa  655  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.654045  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2643  aspartyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
600 aa  642  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21858  normal  0.167975 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1597  aspartyl-tRNA synthetase  52.53 
 
 
600 aa  638  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.566711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0670  aspartyl-tRNA synthetase  59.42 
 
 
597 aa  753  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  4.45499e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4013  aspartyl-tRNA synthetase  55.11 
 
 
598 aa  644  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44023e-06 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2752  aspartyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
600 aa  642  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314882  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0553  aspartyl-tRNA synthetase  53.13 
 
 
598 aa  645  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0171157  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5453  aspartyl-tRNA synthetase  54.04 
 
 
600 aa  637  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0906  aspartyl-tRNA synthetase  56.9 
 
 
601 aa  661  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.401416  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0574  aspartyl-tRNA synthetase  54.44 
 
 
600 aa  643  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0673836  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1473  aspartyl-tRNA synthetase  55.12 
 
 
592 aa  686  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0686129  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1292  aspartyl-tRNA synthetase  55.59 
 
 
585 aa  676  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0150  aspartyl-tRNA synthetase  53.46 
 
 
602 aa  669  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00425968  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2038  aspartyl-tRNA synthetase  82.59 
 
 
614 aa  1056  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0757  aspartyl-tRNA synthetase  59.04 
 
 
600 aa  706  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000505912  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0056  aspartyl-tRNA synthetase  53.99 
 
 
596 aa  637  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.524796  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4522  aspartyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
591 aa  671  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.010466  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1170  aspartyl-tRNA synthetase  55.05 
 
 
599 aa  679  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2196  aspartyl-tRNA synthetase  58.97 
 
 
593 aa  739  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.00775e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4535  aspartyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 
591 aa  673  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  6.91465e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1687  aspartyl-tRNA synthetase  55.9 
 
 
588 aa  664  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  2.35097e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0057  aspartyl-tRNA synthetase  53.99 
 
 
596 aa  637  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  2.41419e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2903  aspartyl-tRNA synthetase  59.04 
 
 
593 aa  723  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  4.05553e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1720  aspartyl-tRNA synthetase  55.9 
 
 
588 aa  664  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  2.19088e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3118  aspartyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
589 aa  672  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00400953  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4249  aspartyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 
591 aa  665  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00151202  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1676  aspartyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 
600 aa  653  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150774 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4135  aspartyl-tRNA synthetase  54.79 
 
 
591 aa  670  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00458828  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4145  aspartyl-tRNA synthetase  54.72 
 
 
591 aa  668  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0128208  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0193  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
600 aa  651  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.624275  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1622  aspartyl-tRNA synthetase  59.39 
 
 
598 aa  745  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.05655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0014  aspartyl-tRNA synthetase  66.21 
 
 
602 aa  825  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0012  aspartyl-tRNA synthetase  78.41 
 
 
606 aa  1004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00181386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0852  aspartyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 
598 aa  650  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.591723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0560  aspartyl-tRNA synthetase  54.94 
 
 
600 aa  652  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.677051  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1673  aspartyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 
597 aa  654  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0634  aspartyl-tRNA synthetase  55.87 
 
 
599 aa  679  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.13965e-12  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0603  aspartyl-tRNA synthetase  55.61 
 
 
588 aa  657  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0945  aspartyl-tRNA synthetase  56.65 
 
 
590 aa  663  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4632  aspartyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
591 aa  671  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  4.582e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0442  aspartyl-tRNA synthetase  56.1 
 
 
597 aa  679  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.967913 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4297  aspartyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 
591 aa  671  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.970735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2384  aspartyl-tRNA synthetase  55.08 
 
 
594 aa  679  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.93733e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0302  aspartyl-tRNA synthetase  54.16 
 
 
595 aa  647  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0234684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0866  aspartyl-tRNA synthetase  53.95 
 
 
601 aa  639  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.770528  normal  0.0740151 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4043  aspartyl-tRNA synthetase  55.39 
 
 
599 aa  652  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0426746  normal  0.173389 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1192  aspartyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
588 aa  647  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00103365  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2279  aspartyl-tRNA synthetase  57.51 
 
 
608 aa  698  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.16393e-05  hitchhiker  1.31011e-08 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1463  aspartyl-tRNA synthetase  61.26 
 
 
594 aa  759  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0040271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4485  aspartyl-tRNA synthetase  55.23 
 
 
591 aa  675  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0604234  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6052  aspartyl-tRNA synthetase  54.15 
 
 
600 aa  642  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1357  aspartyl-tRNA synthetase  59.39 
 
 
594 aa  740  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.12068e-12  unclonable  2.29944e-22 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1484  aspartyl-tRNA synthetase  51.82 
 
 
587 aa  642  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.04576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1040  aspartyl-tRNA synthetase  59.73 
 
 
596 aa  748  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0223e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0514  aspartyl-tRNA synthetase  54.88 
 
 
594 aa  643  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0466  aspartyl-tRNA synthetase  53.46 
 
 
605 aa  633  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2187  aspartyl-tRNA synthetase  53.99 
 
 
590 aa  633  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.46204e-05  normal  0.319945 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4122  aspartyl-tRNA synthetase  54.74 
 
 
601 aa  634  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.154751  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1776  aspartyl-tRNA synthetase  53.21 
 
 
599 aa  634  1e-180  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0439  aspartyl-tRNA synthetase  52.77 
 
 
602 aa  630  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.142464  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2240  aspartyl-tRNA synthetase  54.07 
 
 
592 aa  630  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0378  aspartyl-tRNA synthetase  52.95 
 
 
602 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.074249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36730  aspartyl-tRNA synthetase  54.38 
 
 
591 aa  630  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3637  aspartyl-tRNA synthetase  53.85 
 
 
604 aa  629  1e-179  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1892  aspartyl-tRNA synthetase  52.27 
 
 
599 aa  631  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00404218  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4411  aspartyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 
591 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00200172  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0803  aspartyl-tRNA synthetase  53.42 
 
 
603 aa  627  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.979885  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0874  aspartyl-tRNA synthetase  53.42 
 
 
603 aa  627  1e-178  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.104539  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1550  aspartyl-tRNA synthetase  51.53 
 
 
593 aa  625  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>