201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3188 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
128 aa  257  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  60.34 
 
 
120 aa  138  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.35 
 
 
124 aa  98.6  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  43.09 
 
 
127 aa  98.2  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.96 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
113 aa  84.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.64 
 
 
121 aa  84.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.65 
 
 
128 aa  84  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  83.6  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  42.86 
 
 
113 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  82  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  81.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.21 
 
 
117 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.66 
 
 
123 aa  80.1  0.000000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  39.29 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.27 
 
 
115 aa  79.3  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.26 
 
 
117 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.16 
 
 
116 aa  73.9  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.93 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  37.04 
 
 
110 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.93 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.93 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.52 
 
 
117 aa  71.2  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
119 aa  71.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.93 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.93 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
119 aa  71.2  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4500  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.36 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.84 
 
 
112 aa  70.9  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.39 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
119 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  35.48 
 
 
125 aa  69.7  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  31.9 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.14 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  31.9 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.94 
 
 
109 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
109 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  31.9 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  34.82 
 
 
112 aa  67.4  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.05 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.29 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.24 
 
 
121 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
115 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
112 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.61 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
115 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
109 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.04 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  34.09 
 
 
133 aa  63.9  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  29.91 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  29.91 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.61 
 
 
121 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  29.91 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  29.91 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  29.91 
 
 
118 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  37.5 
 
 
110 aa  63.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  36.61 
 
 
114 aa  63.2  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.23 
 
 
130 aa  62.8  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.47 
 
 
114 aa  63.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  33.91 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.79 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>