More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3165 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 218 aa  447  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  87.14 
 
 		 224 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  78.44 
 
 		 219 aa  368  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  76.96 
 
 		 222 aa  353  6.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  68.2 
 
 		 220 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  64.06 
 
 		 218 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  55.81 
 
 		 276 aa  262  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  58.17 
 
 		 286 aa  260  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  56.36 
 
 		 225 aa  259  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  57.14 
 
 		 244 aa  251  6e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  56.68 
 
 		 254 aa  250  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  54.03 
 
 		 253 aa  246  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  55.92 
 
 		 273 aa  242  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  57.14 
 
 		 282 aa  241  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  55.14 
 
 		 268 aa  235  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  51.87 
 
 		 217 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  52.31 
 
 		 292 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  53.2 
 
 		 237 aa  231  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  49.29 
 
 		 218 aa  230  1e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  51.71 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.85 
 
 		 290 aa  228  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  228  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 		 292 aa  227  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  51.69 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  48.82 
 
 		 217 aa  226  2e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  48.82 
 
 		 217 aa  226  2e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.85 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.85 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.85 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.85 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 284 aa  224  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  48.84 
 
 		 352 aa  223  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  53.14 
 
 		 322 aa  223  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 279 aa  223  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  51.42 
 
 		 303 aa  223  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.37 
 
 		 290 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.37 
 
 		 287 aa  222  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  52.13 
 
 		 226 aa  221  7e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 		 300 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  51.85 
 
 		 225 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1648  hydrogenase accessory protein HypB  52.07 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  51.23 
 
 		 288 aa  220  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  50.48 
 
 		 267 aa  219  1.9999999999999999e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  48.56 
 
 		 321 aa  217  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  48.11 
 
 		 281 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  47.83 
 
 		 303 aa  215  4e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0298  hydrogenase accessory protein HypB  52.27 
 
 		 222 aa  215  5e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  47.32 
 
 		 305 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 277 aa  214  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  47.32 
 
 		 257 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  51.72 
 
 		 261 aa  214  7e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  51.72 
 
 		 261 aa  214  7e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 		 268 aa  214  9e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  50.48 
 
 		 319 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2829  hydrogenase accessory protein HypB  46.89 
 
 		 216 aa  213  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  48.34 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  49.54 
 
 		 308 aa  213  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  51.23 
 
 		 263 aa  213  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  47.44 
 
 		 326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  44.71 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  52.66 
 
 		 264 aa  212  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  49.04 
 
 		 275 aa  211  4.9999999999999996e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 266 aa  211  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 293 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 		 242 aa  211  7e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 267 aa  211  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 		 296 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  48.56 
 
 		 312 aa  211  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  45.75 
 
 		 278 aa  210  1e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  48.85 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  49.53 
 
 		 279 aa  210  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  49.75 
 
 		 283 aa  210  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  51.49 
 
 		 407 aa  209  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  50.25 
 
 		 269 aa  210  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 		 306 aa  209  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  48.56 
 
 		 283 aa  209  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  44.74 
 
 		 323 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  50.99 
 
 		 394 aa  208  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  49.76 
 
 		 318 aa  207  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  49.76 
 
 		 267 aa  207  8e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  48.15 
 
 		 269 aa  206  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11720  hydrogenase accessory protein HypB  47.37 
 
 		 217 aa  205  3e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.708429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  49.07 
 
 		 289 aa  205  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 		 289 aa  205  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1563  hydrogenase accessory protein HypB  44.98 
 
 		 224 aa  204  6e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0444465  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  46.92 
 
 		 303 aa  204  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  47.64 
 
 		 254 aa  203  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  45.89 
 
 		 252 aa  202  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  44.81 
 
 		 264 aa  203  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  45.97 
 
 		 247 aa  202  3e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  46.61 
 
 		 300 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>