More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2769 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2769  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
227 aa  450  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  76.89 
 
 
225 aa  332  4e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.11 
 
 
224 aa  286  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.6 
 
 
224 aa  263  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.51 
 
 
222 aa  224  9e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
218 aa  222  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.41 
 
 
225 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.22 
 
 
225 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.55 
 
 
225 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.27 
 
 
211 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
229 aa  206  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.27 
 
 
206 aa  205  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.26 
 
 
203 aa  204  7e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.23 
 
 
205 aa  204  9e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.76 
 
 
230 aa  201  7e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114714 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.5 
 
 
206 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.76 
 
 
204 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
206 aa  197  9e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.76 
 
 
204 aa  197  9e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.89 
 
 
217 aa  196  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.75 
 
 
205 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.02 
 
 
214 aa  192  5e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.57 
 
 
213 aa  191  8e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.48 
 
 
206 aa  190  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.45 
 
 
206 aa  190  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.24 
 
 
202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.22 
 
 
214 aa  188  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
212 aa  187  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.06 
 
 
222 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1138  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.88 
 
 
210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.41 
 
 
194 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.73 
 
 
216 aa  181  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.47 
 
 
202 aa  181  9.000000000000001e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.23 
 
 
221 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.23 
 
 
216 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.85 
 
 
213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.22 
 
 
209 aa  179  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.04 
 
 
220 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01770  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.12 
 
 
201 aa  178  8e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.28 
 
 
220 aa  178  8e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.73 
 
 
217 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  177  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.13 
 
 
212 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
209 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  45.03 
 
 
212 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  176  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.22 
 
 
216 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  176  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1872  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
222 aa  175  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.32 
 
 
213 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.92 
 
 
224 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  175  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.21 
 
 
208 aa  175  6e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
209 aa  174  8e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.28 
 
 
202 aa  174  8e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.18 
 
 
215 aa  174  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.03 
 
 
212 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.73 
 
 
221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.99 
 
 
212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.26 
 
 
213 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
212 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
200 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
212 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.71 
 
 
205 aa  171  7.999999999999999e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.33 
 
 
206 aa  171  9e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
212 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
222 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.98 
 
 
212 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.62 
 
 
212 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.62 
 
 
212 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
220 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.62 
 
 
212 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.37 
 
 
210 aa  169  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.67 
 
 
218 aa  169  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.21 
 
 
212 aa  169  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.83 
 
 
217 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0035  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.5 
 
 
204 aa  168  5e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40 
 
 
313 aa  169  5e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.34 
 
 
212 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.28 
 
 
249 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.59 
 
 
227 aa  167  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
223 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.1 
 
 
221 aa  167  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.79 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.24 
 
 
219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.55 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.99 
 
 
215 aa  165  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.39 
 
 
214 aa  166  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.41 
 
 
219 aa  165  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.79 
 
 
217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.98 
 
 
210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  44.16 
 
 
212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.18 
 
 
222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>