More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2758 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 698 aa  1401    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 398 aa  169  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.22 
 
 		 531 aa  165  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.65 
 
 		 1000 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 350 aa  164  7e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 686 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.41 
 
 		 730 aa  163  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.05 
 
 		 548 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 307 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 422 aa  162  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 827 aa  160  8e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.46 
 
 		 572 aa  160  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 317 aa  157  6e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 308 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 308 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.87 
 
 		 407 aa  155  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.59 
 
 		 312 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.6 
 
 		 792 aa  153  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 		 820 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 278 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.33 
 
 		 438 aa  152  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.39 
 
 		 751 aa  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 797 aa  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.41 
 
 		 312 aa  151  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 464 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 467 aa  150  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.33 
 
 		 1094 aa  150  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 		 769 aa  150  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 620 aa  150  8e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.53 
 
 		 564 aa  150  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 322 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.79 
 
 		 1076 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293553 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 628 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 312 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 381 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.58 
 
 		 413 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 334 aa  147  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 304 aa  147  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 301 aa  147  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 354 aa  147  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 		 423 aa  147  9e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 357 aa  146  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  48.17 
 
 		 634 aa  146  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 298 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.89 
 
 		 1003 aa  146  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 345 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 1003 aa  146  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 361 aa  145  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 572 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 578 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3960  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.94 
 
 		 965 aa  145  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.283366  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 336 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 559 aa  144  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 312 aa  144  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.95 
 
 		 444 aa  144  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.45 
 
 		 485 aa  143  8e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  45.73 
 
 		 424 aa  143  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.86 
 
 		 451 aa  143  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.11 
 
 		 791 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 710 aa  143  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 1078 aa  143  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 466 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 466 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 317 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 470 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 317 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 313 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 466 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 313 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 631 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.46 
 
 		 311 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  51.25 
 
 		 681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 313 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 280 aa  142  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 637 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 485 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 373 aa  141  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 466 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.93 
 
 		 353 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 466 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  45.29 
 
 		 342 aa  141  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 466 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 466 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.69 
 
 		 550 aa  141  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 587 aa  141  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 407 aa  140  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.48 
 
 		 696 aa  140  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.9 
 
 		 312 aa  140  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 387 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 324 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  44.65 
 
 		 459 aa  140  8.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 403 aa  140  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>