More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2376 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  71.01 
 
 		 1076 aa  727    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0321  ribonuclease  82.99 
 
 		 489 aa  835    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.691253  normal  0.292271 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0537  ribonuclease E  77.53 
 
 		 486 aa  792    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.155114  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2376  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 491 aa  1018    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0457  ribonuclease, Rne/Rng family  64.67 
 
 		 489 aa  658    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3349  ribonuclease, Rne/Rng family  62.22 
 
 		 490 aa  622  1e-177  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  43.45 
 
 		 926 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  43.22 
 
 		 495 aa  388  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  41.24 
 
 		 499 aa  381  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  40.41 
 
 		 792 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  40.53 
 
 		 866 aa  371  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  41.7 
 
 		 752 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  38.97 
 
 		 741 aa  353  5e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  40.25 
 
 		 1016 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  41.87 
 
 		 928 aa  352  5.9999999999999994e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  40.87 
 
 		 720 aa  351  2e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  42.89 
 
 		 1012 aa  348  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  39.75 
 
 		 806 aa  348  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  38.56 
 
 		 808 aa  347  2e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  40.66 
 
 		 718 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  39.63 
 
 		 782 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  39.63 
 
 		 782 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  41.74 
 
 		 1073 aa  347  3e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  39.63 
 
 		 919 aa  346  4e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  40.25 
 
 		 904 aa  345  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  42.53 
 
 		 1073 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  42.53 
 
 		 1057 aa  342  8e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  40.65 
 
 		 1071 aa  342  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  41.27 
 
 		 1139 aa  342  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  40.25 
 
 		 938 aa  341  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  40.21 
 
 		 1132 aa  340  2.9999999999999998e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0282  ribonuclease  39.22 
 
 		 1449 aa  339  5.9999999999999996e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.936888  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  37.4 
 
 		 537 aa  339  8e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0479  ribonuclease  39.84 
 
 		 1368 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  40.46 
 
 		 1014 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  39.87 
 
 		 663 aa  337  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  39.87 
 
 		 663 aa  337  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0256  RNAse E  39.22 
 
 		 1405 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  40.25 
 
 		 1008 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  40 
 
 		 1132 aa  338  1.9999999999999998e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  40.18 
 
 		 903 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  40.08 
 
 		 1061 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  40.5 
 
 		 1096 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  40.5 
 
 		 1097 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  40.5 
 
 		 1068 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  41.12 
 
 		 1122 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  40.04 
 
 		 1037 aa  337  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  40.25 
 
 		 1011 aa  336  5e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  41.15 
 
 		 1072 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  40.41 
 
 		 1092 aa  336  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  40.63 
 
 		 1056 aa  336  5.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  40.95 
 
 		 1090 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  40.95 
 
 		 1091 aa  336  7e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  40.04 
 
 		 1042 aa  336  7e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  41.32 
 
 		 1121 aa  336  7e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  41.24 
 
 		 1216 aa  336  7e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  41.24 
 
 		 1216 aa  335  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  40.59 
 
 		 1091 aa  335  9e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.47 
 
 		 1128 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  40.5 
 
 		 1059 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  40.46 
 
 		 1082 aa  335  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  41.24 
 
 		 1216 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  40.95 
 
 		 1086 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  41.26 
 
 		 1120 aa  335  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  40.29 
 
 		 1053 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  40.08 
 
 		 1111 aa  334  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  40.08 
 
 		 1059 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  41.32 
 
 		 1058 aa  335  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  41.12 
 
 		 1113 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  40.08 
 
 		 1056 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  40.08 
 
 		 1059 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  40.66 
 
 		 1175 aa  333  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  39.42 
 
 		 879 aa  334  3e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  41.12 
 
 		 1060 aa  333  4e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1090 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  40.46 
 
 		 764 aa  332  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1090 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1088 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1087 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1087 aa  331  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  39.88 
 
 		 1088 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  39.79 
 
 		 1015 aa  331  2e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  40.97 
 
 		 1068 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  40.97 
 
 		 1085 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  41.96 
 
 		 688 aa  330  4e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  39 
 
 		 865 aa  330  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  40.62 
 
 		 1035 aa  330  4e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  40.42 
 
 		 1238 aa  330  4e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  38.73 
 
 		 968 aa  327  2.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  39.42 
 
 		 873 aa  327  3e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  41.91 
 
 		 1024 aa  327  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  40.29 
 
 		 1048 aa  325  9e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  40.29 
 
 		 1061 aa  325  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  39.38 
 
 		 1004 aa  325  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  40.29 
 
 		 1061 aa  325  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  40.29 
 
 		 1057 aa  325  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  37.97 
 
 		 870 aa  325  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  40.29 
 
 		 1061 aa  325  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  39.38 
 
 		 1102 aa  324  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  40.29 
 
 		 1061 aa  325  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>